新型双压线性离子阱质谱仪给蛋白质组学带来革...（五）
图 6 1ug C.elegans 蛋白胰酶酶解物在反相色谱分离的基峰图，四级杆飞行时间质谱和 LTQ Velos 线性离子阱全扫描动态范围的比较
Q-TOF 扫描速率对灵敏度的影响
如图 7 所示，将 Q-TOF 扫描速率从 3Hz 升至 6Hz ，导致鉴定到肽段数目减少，这主要是因为随着 Q-TOF 质谱仪的扫描速率提高，一级质谱图特别是二级质谱图质量下降。增加的扫描速度减少了离子的传输时间，由于较少的离子被检测到和平均化，因此降低了谱图的信噪比。如图 8 所示，将 Q-TOF 扫描速率从 3Hz 升至 8Hz ，损失了 66% 的 Q-TOF 信号，在二级质谱图可检测到的特征离子数目减少了。
增加的 MS/MS 采集的扫描速率，降低了二级质谱图的质量和信噪比，而且 Mascot 鉴定到的肽段的得分也受影响，如图 9 所示，二级质谱图扫描几乎来源于色谱峰的顶点。在高质量 Q-TOF3Hz 谱图下， Mascot 得分为 49 分，而且 LTQ Velos 双压离子阱对于同一样品，进样量只有 Q-TOF80% 的时候， Mascot 的得分为 103 分，前者比后者低了 53% ，当 Q-TOF 在 6Hz 运行时，对于 1 μ g 的样品在 180 分钟的运行时间内，鉴定到的肽段数目下降了 40% ，这就是为什么尽管仪器的扫描速率可以达到 10Hz ，在做肽段鉴定实验过程中，厂家不建议其采样速率超过 3Hz 的原因。
拥有ZL技术的 pAGC ，在阱内可实现离子累积， LTQ Velos
双压离子阱不管前体离子的峰强度，对于二级质谱的离子数目进行优化，结果显示，在 180 分钟的梯度内，在实际扫描速率为 6.3Hz 运行下的
LTQ Velos 双压离子阱比 6Hz 运行下的四级杆飞行时间质谱（ Q-TOF ）多检测到了 282% 个特异性肽段。
图 7 1ug C.elegans 蛋白胰酶酶解物在 180 分钟内用四级杆 - 飞行时间质谱仪（ 3Hz 和 6Hz ）和 LTQVelos 线性离子阱鉴定到特异性肽段数目的比较 
图 8 在 Q-TOF 仪器上比较不同质谱扫描速率下信号的强度
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技术原理
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综述
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