常见的质谱扫描模式丨DDA & DIA
Data Dependent Acquisition
DDA
1 之前已经提到，DDA可以同时获得被测代谢物的一级质谱和碎片信息，母离子的筛选主要依靠研究者预先设定的条件，如信噪比，同位素分布，离子强度，选择top-n等等。该方法由于采用了较窄的m/z（通常为~1Da）窗口进行筛选目标离子减少了干扰离子的存在，因此可以为研究者提供较高质量的碎片信息。
2 不足：目标离子的筛选是一个随机的过程，强度较高的离子更容易被选择成为目标离子进行二级质谱信息获取。所以，当分析复杂样本时，该方法被认为分析的重复性较差，有时候会有采样不足的情况出现，即MS/MS信息的覆盖率较低。在此情况下，当有价值的离子不能满足目标筛选条件或者与很多强度较高的离子共流出时，这些感兴趣的离子便不能被选择进行碎裂。
3 此外，如果母离子选择的数量太多，就会造成一级质谱的总离子流图采样不足，如果未使用高速扫描的高分辨质谱进行分析，那么采样点不足就会导致无法较好的完成定量实验。
4 目前已有大量的研究致力于获取更多化合物的碎片信息，以及得到高质量的以DDA为基础的串联质谱图。
Data Independent Acquisition
DIA
1 DIA主要是通过高低碰撞能量的交替采集，在低能量时获取离子的一级质谱，高能量获取碎片信息。不预先对母离子进行筛选，理论上能够全面的获取所有离子的碎片信息。
2 不足：如果在同一时间共流出离子较多的情况下，无法直接的将低能量一级质谱图和高能量碎片离子进行解析，即没有办法直观地观察到二级质谱图中的碎片来自于哪一个特定的母离子。数据的解析通常需要专业的分析软件。
DDA与DIA采集的串联质谱图对比
左图：DDA由于采用了较窄的m/z窗口，得到的二级质谱图没有干扰离子影响（蓝色），并且与标准品的二级质谱图（红色）有很好的匹配；
右图：DIA由于在同一时间有较多离子与目标离子共流出，加之并未预先进行筛选，所有的离子都被碎裂，因此得到的串联质谱图（黑色）峰比较多，由于有其他母离子碎片的干扰，使得如果不借助软件解析，在与标准品进行匹配时有些困难。
