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SWATH为全球科学界提供蛋白质组学研究的突破性技术

2012.5.11

SWATH™采集模式为全世界科学界提供蛋白质组学研究的突破性技术

　　在TripleTOF™ 5600系统上运行非数据依赖的SWATH™采集模式，能够进行全面、完整的蛋白质定量，相关成果发表在《分子与细胞蛋白质组学》上。

　　全球生命科学分析技术领导者，AB SCIEX公司与苏黎世联邦理工学院合作，已经完成了MS/MS^ALL的SWATH™采集模式的开发，SWATH™采集模式是一项以质谱为基础的，用于蛋白质组学研究的突破性技术，能够在单次分析中完成一个样品所有蛋白质和肽段的定量。此方法发表在今年的《分子与细胞蛋白质组学》（MCP）上。

　　液相色谱串联质谱（LC/MS/MS）广泛用于蛋白质组学的研究，但是目前此方法不能提供制作完整定量蛋白质组生物地图所需的速度、定量准确度、特异性、灵敏度和重复性。SWATH™采集模式首次采用具有非数据依赖（data-independent）的MS/MS采集方法，能够系统性地生成完全的、高特异性的碎片离子全貌图，通过使用目标数据分析法可以查询任何感兴趣的蛋白质是否存在，并对其定量。

　　此新方法依赖于先进的四极杆飞行时间杂交质谱仪——AB SCIEX的TripleTOF 5600系统。该系统集高分辨率、高质量精确度和超高MS/MS谱图采集速率于一身，意味着它是唯一一款能够有效运行SWATH方法的质谱仪。运行在TripleTOF 5600系统上的SWATH™ 采集模式是AB SCIEX MS/MS^ALL技术的延伸，作为AB SCIEX和苏黎世联邦理工学院Ruedi Aebersold 博士课题组合作的一部分，该技术将很快面市。

　　“SWATH™ 采集模式使我们能够探索多重MS/MS数据集，所达到的水平是传统聚类或数据库方法不可能实现的，”瑞士苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）分子系统生物学研究所的Ruedi Aebersold博士说“通过和AB SCIEX一起合作，我们已经开发出运行在TripleTOF™ 5600上的突破性方法，能够帮助蛋白质组学研究者实现对整个蛋白质组的全面定量分析。”

　　该技术能够针对监控范围内的所有母离子产生高特异性碎片离子数据。不同于传统的采集方法，该技术不依赖于检测到的母离子质量来触发MS/MS采集，而是通过快速移动的选择窗口将样品中的所有组分系统性地全部打成碎片。

　　对得到的结果数据，采用选择反应监测或多反应监测（SRM/MRM），对每个感兴趣的多肽，都能通过提取几张高分辨率的碎片离子色谱图，来鉴定和定量目标肽段。结合MRMAtlas等公共资源中的离子库或从ProteinPilotTM等数据库搜索软件内部产生，研究人员能够反复审核兴趣多肽/蛋白质的定量数据。此技术能够提供完整的样品定量和定性结果，并且能够根据发展的新假设经电脑模拟进行回溯性的挖掘。

　　参考文献：

　　Targeted data extraction of the MS/MS spectra generated by data independent acquisition: a new concept for consistent and accurate proteome analysis

　　Ludovic C. Gillet, Pedro Navarro, Stephen Tate, Hannes Roest, Nathalie Selevsek, Lukas Reiter, Ron Bonner, and Ruedi Aebersold

　　Mol Cell Proteomics mcp.O111.016717. First Published on January 18, 2012, doi:10.1074/mcp.O111.016717

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