图 9 四级杆 - 飞行时间质谱在两个不同二级质谱扫描速率下，对同一个二价前体离子 LVGDLDDAQVDVER 二级质谱图的比较。而 LTQ Velos 离子阱对同一前体离子检测只用了 80% 的样品量。

结论：在一个复杂的蛋白质组样品中，高灵敏的检测和鉴定化合物对于了解和认知动态蛋白质学具有极其重要的意义。随着技术的革新， LTQ Velos 双压线性离子阱质谱仪的出现，，大幅度提高了肽段和蛋白鉴定的个数，与当前主流的技术相比， LTQ Velos 双压线性离子阱质谱仪由于其超高的采集速度和高的灵敏度，增加了低丰度的前体离子的鉴定数目。

•  在一个复杂混合样品中， LTQ Velos 离子阱比四级杆 - 飞行时间质谱能多鉴定 240% 个蛋白质和 130% 个特异性肽段，而且，通过四级杆 - 飞行时间质谱鉴定到的蛋白，有 90% 以上都能在 LTQ Velos 看到。

•  LTQ Velos 双压线性离子阱对于低含量的物质有较高的灵敏度。上样量在 20ng 的时候，与 LTQ XL 离子阱相比， LTQ Velos 双压线性离子阱对于特异性肽段的鉴定增加了 150% 。

•  随着鉴定蛋白数目的增多， LTQ Velos 双压线性离子阱给出了更多的低丰度的蛋白，在这里面，对与信号转导蛋白的量提高了 133% 。

•  LTQ Velos 双压线性离子阱提高了实验的通量，对于复杂样品的分离，比 LTQ XL 离子阱在三分之一的分离时间里，鉴定了更多的蛋白和肽段。

•  相比四级杆 - 飞行时间质谱仪，在线性离子阱中能得到更高质量的二级质谱图，这样在 Mascot 检索中能得到更高的分数。通过四级杆 - 飞行时间质谱仪得到高质量准确度的图对于肽段的鉴定是有益的但还不够。

•  提高四级杆 - 飞行时间质谱仪的扫描速度会降低一级质谱和二级质谱图的信号和谱图质量，同时导致减少鉴定到肽段的数目。

参考文献

•  Horn, D.M., Miller, C.A. , Miller, B.D. The Effect of MS/MS Fragment Mass Accuracy on Peptide Identification in Shotgun Proteomics. Application Note 5989-7820 EN. www.agilent/chem/proteomics

来源：Thermofisher Scientific