以现代微生物产业技术为依托，齐鲁现代微生物技术研究院下设国家微生物资源中心(山东分中心)、国家微生物科学数据中心(山东分中心)、临床转化医学中心、基因组编辑中心、现代微生物农业研发与示范山东基地等5个研究中心，还将建立1个技术孵化运营平台公司。该研究院设有济南市西区医学科学中心园区和济南市商河县园区，2个园区科研建设用地近200亩，另有1700亩农业流转用地，全部用于中科院农业微生物技术工程实验室示范基地建设。
据介绍，根据《山东省人民政府 中国科学院推进山东新旧动能转换重大工程合作协议》，中科院微生物所、济南市政府、山东省科技厅建立全面战略合作伙伴关系，共建中科院微生物所齐鲁现代微生物技术研究院，合作三方将充分发挥各自优势，在黄河生态带龙头城市打造面向国家重大战略需求和国民经济主战场的“产学研用”一体化微生物高科技研发集群，开展现代医学、绿色农业、资源与大数据等高端微生物技术的转移转化工作，以培养一支具有国际视野的生物技术领域产业领军队伍，催生一批引领新型微生物产业发展的核心关键技术，建成兼具人才、团队、技术、运营集成优势的微生物创新技术产业高地。