1. 标记细胞（1） 癌症与抗癌药物研究直接快速地测量各种癌症模型中肿瘤的生长和转移，并可对癌症治疗中癌细胞的变化进行实时观测和评估。（可以检测到体内102个细胞的微转移）。（2） 免疫学与干细胞研究将荧光素酶标记的造血干细胞移植入脾及骨髓，可用于实时观测活体动物体内干细胞造血过程的早期事件及动力学变化。（3） 细胞凋亡

　　2. 标记病毒（1） 病毒侵染用于观察病毒对机体的侵染过程。（2） 基因治疗可应用荧光素酶基因作为报告基因用于载体的构建，观察目的基因是否能够在试验动物体内持续高效和组织特异性表达。

　　3. 标记细菌（1） 细菌侵染研究（2） 抗生素药物

　　4. 基因表达和蛋白质相互作用（1） 组织特异性基因表达（2） 蛋白质相互作用（3） 阻断RNA

　　5. 转基因动物模型（1） 基因表达（2） 各种疾病模型

　　6. 荧光成像功能用RFP标记病毒，动态检测病毒在体内的复制过程。