基因芯片技术的出现有力地促进了人们对疟原虫生物学的认识。早在2000年,恶性疟原虫的基因组测序尚未完成, Hayward等根据恶性疟原虫绿豆核酸酶基因文库, 制成“鸟枪”DNA ( shotgunDNA)芯片,分析了疟原虫滋养体和配子体之间的基因表达差异,为疟原虫发育阻断剂和疫苗研究提供了有益线索。恶性疟原虫全基因组测序完成后,疟原虫高通量表达谱芯片的应用得到进一步推广。为阐明疟原虫发育的分子调节机制,多位研究者以cDNA或寡核苷酸为探针制成芯片,比较分析疟原虫不同发育周期的基因表达变化。如Le Roch等比较了恶性疟原虫红细胞内各发育阶段2号染色体上转录组的差异。Ben Mamoun 和Isokpehi等研究了恶性疟原虫红细胞内各发育阶段的基因表达变化。Bozdech等分析了恶性疟原虫裂殖子与滋养体表达谱的差异。Young等则观察了恶性疟原虫配子体Ⅰ～Ⅳ期转录组的变化。此外,Vontas等还利用芯片技术分析了伯氏疟原虫动合子及其早期卵囊体外培养的基因表达差异。

　　基因芯片技术也可用于比较不同种或同种不同株疟原虫的基因表达差异, Ganesan等利用芯片研究了恶性疟原虫Dd2 和HB3 株基因表达差异。Hall等比较了伯氏、夏氏、约氏和恶性疟原虫的基因表达差异。Gissot等利用芯片技术分析了红内期不同时点恶性疟原虫3D7株及F12株之间表达谱的差异,并发现了影响配子体生成的候选基因。近年,基因芯片在疟原虫研究中的应用范围进一步拓宽,研究内容涵盖疟原虫新基因发现、疫苗靶标筛选、转录因子调控网络、疟原虫适应人体宿主机制、疟原虫比较基因组杂交分析、恶性疟原虫抗原变异分子机制以及疟原虫攻击红细胞机制等。总之基因芯片技术正逐步成为疟原虫分子生物学研究的有力工具。