近年来，对证明转基因食品危害性实验的重复实验并没有得到相应的实验结果。Quist和Chapela于2001年11月在《自然》发文称在墨西哥南部2000年种植的地方品种中检测到转基因(该地自1998年就禁止种植转基因玉米)。该文引起轰动，也受到广泛的关注与批评。《自然》于2002年4月11日载文2篇，批评该文的结论是对不可靠的实验结果的错误解释。同期发表编辑部申明：该文所提供的证据不足以发表。

　　2009年，一位荷兰科学家在《国际生物科学》杂志上发表了一篇文章，报告了抗虫转基因玉米对人的肝肾有损伤，引起各界高度关注。来自欧盟食物安全机构的科学家做了重复实验，结果发现，经过90天的动物喂养实验，没有发现任何健康损害。

　　此外，中国农业大学食品科学与营养工程学院院长、博士生导师罗云波认为，Bt基因本身是安全的，只是对鳞翅目等昆虫有毒。“有毒、无毒只是相对的问题，比如我们每天咽下唾沫并无损健康，但有些虫子在唾液里就死了，很多中毒现象的发生是毒分子和相关受体结合的结果，我们有蛇毒受体，所以会中蛇毒；但是很多生物不怕蛇咬，因为没有相应受体。Bt蛋白作用于鳞翅目昆虫肠道，导致其死亡，而实验已经证明了人体的胃肠道中没有Bt蛋白受体。” 罗云波说。而且，含有Bt蛋白的大米，在入口之前，已经经过了高温处理，60℃以上大多数蛋白都已经变性，失去生物活性。