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当HLA遇上NGS
人类白细胞抗原(HLA)的入门读物
人类白细胞抗原（HLA）系统是人类基因组中最令人兴奋的区域之一。研究表明，它负责向我们的免疫系统警示那些被感染的、不正常的或者外来的细胞。Illumina负责HLA市场开发的副总监Alex Lindell表示，新一代测序技术（NGS）正在被应用于这一领域，从而了解HLA区域的遗传特征，以帮助科学家更深入地了解其重要性。
HLA系统是什么？为什么NGS对我们了解HLA很关键？
在机体识别入侵的细胞并产生免疫反应、从而抵抗疾病和保持健康上，HLA发挥了很大的作用。它是非常重要的，但对其研究却不如对我们其他部分的DNA那么深入，这是因为它是基因组中最具多态性的区域之一，这意味着人群中存在着比其他基因家族更多的独特的HLA序列。它也有着高水平的序列同源性，意味着基因与基因之间存在相同的序列，这也是很难用传统测序技术进行测序的原因之一。
这些特点使得HLA区域成为基因组中最难研究的部分之一。要开发工具来帮助广泛分析HLA遗传特征（通常称为HLA分型）与各种健康结果之间的联系，是相当困难的。由于NGS能精确鉴定HLA基因序列，这一技术的引入为进一步研究HLA在疾病中的作用打开大门。
过去的HLA研究如何？那些信息用于哪些方面？
HLA分型的应用，最常见是在器官、骨髓和干细胞移植的受体与供体相匹配，尽量避免移植排斥方面。然而，传统HLA分型方法的复杂性局限了其在器官移植中和不良药物反应上的应用。要更深刻全面认识HLA在受其影响的各种人类疾病情况下所发挥的作用，现有对HLA的广泛研究还不能达到所需的程度。
随着研究的不断增多，对HLA分型的认识可能对其他哪些领域产生影响？
HLA突变几乎与所有的自身免疫疾病存在关联——在这些疾病中，免疫系统错误地攻击我们自身的组织。它们包括多发性硬化、类风湿性关节炎、1型糖尿病、乳糜泻、强直性脊柱炎、Graves病、狼疮、Crohn病、嗜睡症和牛皮癣等。
HLA也在HIV中发挥重要作用，因为某些HLA等位基因似乎帮助抵御HIV，而其他等位基因表现为使人易感HIV。此外，带有某些HLA等位基因的人对abacavir（一种抗逆转录病毒的药物）有不良反应。
HLA亚型是否在响应其他药物上起作用？
人们认为，HLA会影响许多药物的反应，包括抗生素、抗精神病药、抗惊厥药、抗病毒剂、抗凝血剂、非类固醇消炎药，甚至是阿司匹林等常用药物。
它是否有其他的作用？
出人意料的是，HLA还与择偶相关。研究表明，人类和小鼠都优先选择HLA亚型不同于自身的伴侣。这背后的科学因素还不是很清楚，但从进化的角度来看是有道理的，拥有不同HLA亚型的父母将产生遗传上更多样的后代，才能更好地抵御疾病。
Illumina提供哪些工具来协助研究HLA及其对人类健康的影响？
Illumina推出了供科研使用的TruSight HLA v2 Sequencing Panel和Assign 2.0分析软件。这个从DNA到报告的解决方案在更短时间内实现了HLA基因的明确测序，减少了手工操作的时间和测序，在不到48小时内完成高分辨率的HLA分型。
*传统的HLA分型方法包括血清学，针对每个HLA已知等位基因的序列特异性寡核苷酸，基于PCR并在凝胶上分析的序列特异性引物，以及利用Sanger测序方法的序列分型。
