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纯纯纯干货 | 期待已久的数据上传教程来啦！
中科新生命，成立于2004年，专注于质谱技术方法在科技服务、生物医药、精准医疗领域的应用开发。12年质谱服务经验，每年处理样本数超万例，通过与中科院的技术合作及企业研发团队的自主创新，致力成为您优秀的生物技术合作伙伴。
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前段时间我们针对SCI投稿给大家介绍了一下投稿的准备工作以及原始数据的上传方法，还给大家出了一个预告，不少老师也纷纷询问预告内容什么时候能发。终于！今天的内容正是大家期待已久的：使用软件ProteomeXchange软件上传原始数据的具体步骤。
忘记前面两期内容的可以戳复习链接：
在开始上传之前呢，先来做一下准备工作：
1. 蛋白质组学提交数据前，需先注册账号，账号和密码都是保密的。通过PX平台提交原始数据必须使用标准的提交工具PX Submission tool
下载地址：
http://www.ebi.ac.uk/pride/help/archive/submission。
数据提交详细操作说明参见以下链接：
http://www.proteomexchange.org/docs/Submission_Tutorial.pdf
2. 确保电脑已经安装Java和PX submission tool，解压缩至桌面后双击“px-submission-tool- 2.3.6.jar”的文件（无需安装），然后在PX submission tool的欢迎界面中选择“Partial submission”（完全模式选择Complete submission）。
做好了以上这些工作，你们准备好开始上传数据了吗？
步骤1：账户登录
在弹出登录界面，输入注册账户用的邮箱名及密码登录PX。如果还没有注册PX账户，可以点击下方的“Register New User”进行注册后再登录。
步骤2：提供数据细节
此步骤需要提供关于数据集的基本信息，例如题目、关键词以及对数据的简短描述摘要（等同于相应文章中的摘要）。
步骤3：添加文件
此步骤需要添加RAW文件及查库结果文件，以Maxquant软件（（修饰）label-free/QE鉴定/SILAC）为例，将搜库后生成的txt文件夹压缩为txt.rar。依次添加RAW文件及txt.rar文件。
步骤4：指明文件关系
此步骤需要指明REASCH和哪些其他类型文件是对应的，即哪些RAW文件产生了相应的SEARCH文件。每一个REASCH文件都需要至少有一个其他类型的文件与其对应。可通过“Add Relation”按钮完成。默认是txt.rar对应所有的raw文件，点击“Next”进入下一步骤。
步骤5：略过
步骤4完成后PX submission tool直接进入到步骤6，略过了步骤5。
上传步骤已经过半了！后面也要认真看哦！
步骤6：提供额外的实验细节信息
为了提高数据的重复利用性，物种、质谱仪器以及转录后修饰（PTMs）列表等额外的实验信息需要被提供。
对于每种类型的实验细节，提交工具都会提供一个简短的通用值列表。如果列表中没有包含你的特殊的实验细节信息项目值，你需要选择“Other”选项（如下图中的定量方法）。如若此做，一个弹出窗口会出现，其提供“Ontology Lookup Service”入口，从中你可以选择一个特定的选项值。
步骤7：提供实验室负责人的联系方式
此步骤需要填写实验室负责人（课题组组长）的名称，邮箱，联系地址。
步骤8：提供额外的数据集细节
如果你的研究是一个大型研究项目中的一部分或者在数据处理中使用了其他已发表文献或数据集里的数据，需要提供这些信息，如果没有，可以直接跳过。
步骤9. 核对数据
此步骤为上传文件前的最后一步。提交者需要再次确认所有必需的文件都已经包括在submission summary中了，然后再开始上传文件。
步骤10. 文件提交
此步骤为文件上传步骤。一旦上传完成，会出现以下界面，并会有一封确认信发送至邮箱。需要注意的是，下面界面里的ID和确认信的ID都并非数据提交的最终ID号码，正式的数据存储ID会在几天后待数据审核通过后发送至邮箱。
数据集的引用
原始数据上传完成后，可以在文章致谢后的"Data Availability"中或者其他位置写明数据集的访问信息(URL, project ID)，保密的数据集需在邮件里告知编审数据访问的账号和密码。
哇哦！数据上传完成啦！相信各位老师看完这篇教程后，一定对于数据上传的步骤有了更具体的了解，是不是觉得自己棒棒的呢！
