ELISA 数据处理很难吗?那你没选对方法!
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Molecular Devices
源自美国
专业的生物分析仪器公司
ELISA
是酶标仪最常见的实验应用之一
简单、快速、灵敏且价格低廉
而在进行 ELISA 的数据处理的时候
标曲绘制、参数计算、结果处理等
却会比较繁琐复杂
那么是否有更方便的处理方式呢?
本期,让我们一起看看
如何在 SoftMax Pro 软件上
进行简单快速的 ELISA 数据处理
*流量预警:38.6 MB。
**视频前半段包含 SoftMax Pro 软件介绍。案例开始请空降 1:44。
“以实例,手把手教你做 ELISA 数据分析分析
”最常见,大家也是平时会用到的,就是 ELISA 的数据分析,也就是说,任何需要通过标曲换算未知样本的情况的都适用于这个案例。
那么首先,我会通过 MakeError 和 if 公式来向大家介绍数据的初步处理如果有需求的话,通过这两个键,一个是 reduction,一个是 display。那么其次,也是常见的,曲线的拟合,未知样本的换算,通过 InterpX。最后是一个数据的判断,pass 或者 fail 这种。
好,我们来看一下具体的案例。
我们在这里有一张空的,什么都没有的 ELISA 板,让大家看一下我们的软件是怎么处理数据的。选择 reduction 键,常规呢,大部分时候只要输出一个值就可以了,但是这个时候我们其实可以做非常简单的一个判断的。
选 customer。这个时候给大家看一下,这里有一个公式,我已经编上了。调用两个公式,一个是 if,一个是 makeerror。我这个公式什么意思呢,if 是需要给他一个条件,比如说你输出值大于 0.2 的时候,它输出第一个结果,第一个 outcome,小于等于 0.2 的话它输出第二个结果,第二个结果呢,这里我们用 makeerror 这个代码。在我们的说明书里面有非常详细的每个代码对应什么。Makeerror 呢,它表示的就是超范围。点 OK。
我们在 display 里直接就可以看到,它把超过 0.2 的孔,全部都报错了。
接下来我们回来。上面的操作是对于有需求的。常规的时候呢我们首先是选中要拍的板中的空白孔,点一下 plate blank,均值校零。立马可以看到,直接就校好了。
下面是我们的标准曲线。这里是我们的标准曲线组,我们来添加一个,我们叫 standard(STD)。下面这里一定要选中 standards,对应标准曲线。定义一下他的浓度,比如说我在这里选 pg,点OK。
软件本身其实是不知道你的样品排布的,那么我们这个时候要告诉它,你的标准曲线是怎么排布的。点一下 series。在这个案例中,我是从下向上稀释,然后横坐标设有两个副孔,起始是 1,000 pg,10 倍 10 倍稀释。点 OK。
这个时候标曲就完成了,通过点一下 descriptor,看一下分布范围跟预期是否一致。如果有的时候你们遇到不是这种常规稀释的样本,可以选中自己手改这些数据,都是可以改变的,完成。这个时候我们的一条标曲就完成了,基于这个我们就可以作图。
点一下 new graph,因为你只有一条组,所以 x 轴、y 轴它都帮你预设好了。那么你可以去改,比如说我只输均值啊,或者 values,都可以,点 OK。
这样就出来一条标曲图。像常见的两参数、三参数、四参数、曲线、线性、point-to-point 等,我们都是提供的。在这个案例中,我们使用 log-log,点一下,拟合好了。
拟合好之后,所有的公式、a、b 值都会给你提供的,不需要自己再去计算。
再回到 plate 1,这个时候我们需要一个样品组。点一下 template editor。同样,比如用这两排做一个样品组,我们添加一个组,我们叫它 sample。这个时候一定选 unknown,表示你的未知样本。点 OK。
同样,也是要告诉它你的未知样本怎么排的。设置好后点 OK,这个时候样品组就出来了。
样品组本身会默认带两个公式去换算,但是可以看到这里默认的都报错了,因为它不知道数据源在哪里,就是你的那个曲线源。我们双击它打开。
可以看到我们这个样品是调用一个公式,叫 InterpX 这个公式,这个公式,你给它一条曲线,给它一个 y 值,他就会出 x 值,还有一个类似的公式叫 interpY,由曲线和 x 值求 y 值,都是可以做的。在这里因为它默认的这个标曲是不存在的,所以它报红,那么非常简单,我们只要改一下这一段就行了。在输入的时候大家尽量不要自己手打,可以点一下这个 helper,那么你每打一个单词,都会有一个提示出现,会比较方便。这个曲线其实叫 plot1,选中就好了,点下 OK。
可以看到根据标曲,未知样品的浓度就出来了,平均浓度也出来了,std Dev、CV 值也都出来了。
这个时候我们加一个非常简单的判断。以 meanresult 为例,我们先改一个名字,比如说叫 pass fail。我们目前想要完成一个什么样的判断呢,就是在 1-1000 范围内的样品,显示 pass,在这个范围外,我们称呼为 fail。同样通过 if 语句实现,条件处可以通过 and 来添加一个条件,就是说同时要满足这两个两个条件才成立,第一个结果,选择 pass。可以通过加双引号,来输出一个文本。那么如果不满足这个条件呢,就是在大于等于 1000 或小于等于 1 的情况下,我们输出 fail。这里 check 一下,没有问题,点 OK。
这样一个关于数据简单的判定就可以完成了。那么这只是一轮的 if 语句,我们的软件也可以做到大 if 套小 if,可以做到非常复杂的判断。
以上就是使用 SoftMax Pro 7 版本酶标仪软件进行 ELISA 数据分析的全部内容,更复杂或特殊的情况在此不进行讨论,欢迎大家留言咨询~
有关 SoftMax Pro 7
SoftMax Pro 系列软件是 Molecular Devices 公司酶标仪专用软件,拥有非常强大的数据处理功能,同时推出普通版及企业版:
普通版:满足大部分科研用户需求,内置 160+ 种预设模板,还支持实验流程相关多个环节自定义设置。
企业版:全面满足合规的需求,符合最新 FDA 21 CFR 11 Part 标准要求并支持在 GMP/GLP 实验室下使用。
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