人物专访 | Matthias Mann教授 | timsTOF Pro在临床蛋白组学中的应用
Matthias Mann教授的研究团队(德国Max Plank生物化学研究所和丹麦哥本哈根大学)做为全球顶尖蛋白组学研究团队之一,一直致力于开发新的质谱技术和新的蛋白组学研究方法,基于timsTOF Pro的4D蛋白组学平台就是由布鲁克和Matthias Mann团队共同开发,因此他们团队是也是早的timsTOF Pro用户,他在德国Max Plank生物化学研究所和丹麦哥本哈根大学的两个团队目前已经拥有5套timsTOF Pro系统,并同时在开展多个方向的研究,比如代谢组学、单细胞蛋白组学和临床蛋白组学等。
采访中,为了使采访者对timsTOF Pro的特点有更直观的感受,Matthias Mann教授通过几个具体实例阐述了timsTOF Pro的独特应用:
- 将Evosep液相与timsTOF Pro联用,最大限度发挥timsTOF Pro 扫描速度和灵敏度的优势,真正实现高通量临床蛋白组学研究;
- timsTOF Pro高灵敏度与激光微切割技术(Laser Capture Microdissection)结合,将PASEF技术用于FFPE(Formalin Fixed Paraffin-Embedded)样本微小区域组学研究,从而将蛋白组学技术与临床病理学完美结合;
- timsTOF Pro能准确并高度重复测定多肽CCS(碰撞截面积),从而可以利用Machine Learning (机器学习)来预测多肽的CCS,使多肽的鉴定除了时间和精确质量外又多了一个定性的参数,从而多肽的鉴定更可靠,这对将来利用Machine Learning 来对病人进行分型也大有帮助。
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