蛋白亲和纯化法同A蛋白和G蛋白不同，在此方法中，蛋白首先共价结合于分离柱上的固定相。这样，多抗样品中对此蛋白有特异吸附的抗体将由于同蛋白的吸附而留在分离柱上。未能结合的抗体将从分离柱上首先被洗脱，进一步洗脱将得到特异性抗体。用蛋白亲和纯化法得到的抗体具有很高的特异性。