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血清血浆环状DNA测序
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| 参考报价： | 面议 | 型号： | 血清血浆环状DNA测序 |
| 品牌： | 西唐生物 | 产地： | 上海 |
| 关注度： | 暂无 | 信息完整度： |  |
| 样本： | 暂无样本 | 典型用户： | 暂无 |
技术服务详细描述
环状DNA简介
游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。
传统观点认为真核基因组通常形成稳定的线性染色体。但最新的研究表明：无论是在正常体细胞还是癌细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在肿瘤中，主要的癌基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的癌基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动肿瘤异质性的重要机制。由此可见，由于其结构和表达的特异性，环状DNA可以影响细胞生命活动，促进肿瘤细胞演进和适应性进化，增加了基因组的可塑性和不稳定性。目前，环状DNA不仅仅可以作为一种新型特异的肿瘤标志物，还在肿瘤发生发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来革命性影响。
环状DNA形成的机理
目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。环状DNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。
环状DNA 形成模型示意图
技术简介
针对血清血浆微量样品，云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法，酶切去除线性DNA后，利用Tn5转座酶，打开环状DNA环状结构并同时在DNA片段两端加上接头，进行建库及测序。Tn5转座酶法效率高，损耗低，实现血液循环系统中微量的环状DNA的检测。并且本产品能保留环状DNA的原始表达量，使得不同环状DNA间的表达量的比较更为准确。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。
云序生物血清血浆环状DNA测序流程示意图
云序优势
适用于血清血浆等微量样品：此法减少DNA损失，并保留原始表达量，不同环状DNA间表达量比较更准确
专业的生物信息学分析：
专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析环状DNA的算法，满足客户的各类深入数据分析需求。
一站式服务：
客户只需提供血清血浆，云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。
样本要求
样品类型：
血清血浆。
样品量：
血清血浆：5mL
样品运输及保存：
EDTA抗凝，样品干冰运输。勿用肝素管取样（绿色盖子抗凝管）。
数据分析（下列有 * 表示个性化分析）
1.环状DNA注释表格测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格，列出每个样品中检测到的每个环状DNA所在的染色体、坐标，长度，表达丰度，相关基因注释, GO注释，Pathway注释等。
2.长度分布
对整体或单独样本中的环状DNA的长度进行统计和展示。
3.组间共有和特有环状DNA*
对不同分组中共有和特有的环状DNA个数的统计和展示。
4.环状DNA差异表
不同的样品分组间可以进行环状DNA丰度的差异比较，通过差异倍数、p值、关联基因筛选关键的环状DNA。
5.差异环状DNA聚类图、散点图、火山图
展示不同样品分组间环状DNA的丰度差异。
6.差异环状DNA所属基因的功能分析
对环状DNA或差异环状DNA所属基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。
7.染色体分布*
对整体或单独样本中的环状DNA在各染色体上的数量、密度进行统计和展示。 
环状DNA在不同基因区域、重复序列元件区域分布。
9.联合转录组关联分析*
如果联合全转录组测序，可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。
案例解析
案例1：母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析原文：Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm
期刊：Proc Natl Acad Sci 影响因子：11.201
作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA)，并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法，在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长，在这些环状DNA分子中，胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外，环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶，因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。
图1. 对5例妊娠患者的血浆标本进行环状DNA分析
血清血浆环状DNA测序信息由上海西唐生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于血清血浆环状DNA测序报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。
注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途
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