技术简介

环状 RNA（circular RNA，circRNA）是在转录过程中，通过可变剪接形成的一类首尾相接的环状 RNA 分子。高等动物中 circRNA 的种类和含量远远超过预期。circRNA 测序能够快检测样本中 circRNA 的种类并进行表达定量，结合生物信息学挖掘手段，研究 circRNA 的功能和调控机制。

仪器平台

Illumina Hiseq X-10

技术应用

circRNA 可以作为“microRNA 海绵”，即竞争性内源 RNA（competing endogenous RNA，ceRNA），结合胞内 miRNA，阻断 miRNA 对其靶基因的抑制作用。circRNA 也可与蛋白形成复合体调节下游的靶基因。另外，circRNA 的表达呈现出很强的组织特异性，也暗示 circRNA 具有重要的生物学功能。

伯豪优势

样本处理：丰富的 RNA 抽提经验；易降解样本、微量样本的抽提解决方案；

文库构建：高效的 rRNA 去除和线性 RNA 消化；

质控管理：ISO9001 认证，Illumina CSPro 认证；

数据分析：针对 circRNA 剪接位点定量和差异分析的权威算法；全面的分析内容；灵活   的定制分析；

项目成果：协助客户在 Genome Biology,EMBO Research 等顶刊上发表文章。

样本要求

样本类型：total RNA

样本总量：>=5 μg

样本浓度：>=50 ng/ul

推荐数据量：>=12 Gb/ 样本

分析流程

案例解析

案例一

FLI1 是 ETS 转录因子蛋白家族成员，是血液恶性肿瘤的驱动基因，能够促进多种实体瘤的生长。CircRNAs, 作为一类新的非编码 RNA，主要由外显子或内含子背面剪接或套索内含子产生。研究人员利用由 Crispr/dCas9 介导的免疫共沉淀方法（CasIP），对 FLI1 启动子染色质复合物进行了研究，通过高通量测序，研究人员确定了 FLI1 外显子环状 RNA FECR1 的存在，进一步的研究表明 FECR1 是由 FLI1 外显子 4 和外显子 2 之间反向剪接形成的。值得注意的是，FECR1 与 FLI1 启动子顺式结合并募集 DNA 去甲基化酶 TET1 复合物。在乳腺癌中，FECR1 作为正反馈调节剂起作用，通过协调 DNA 甲基化来激活 FLI1，促进癌细胞发生转移。

原文出处：Naifei Chen, Gang Zhao, Xu Yan, et al. A novel FLI1 exonic circular RNA promotes metastasis in breast cancer by coordinately regulating TET1 and DNMT1. Genome Bio. (2018) 19:218

案例二

CircRNA 是一类具有闭合环形结构的非编码 RNA，是现阶段转录组学研究的新星。本研究从 circRNA 的角度出发，深入阐述了一个 circRNA 在膀胱癌中的作用机制。研究人员对 3 对配对癌组织和正常膀胱组织进行了 circRNA 特异性的高通量测序，进一步的分析和大样本鉴定表明，circHIPK3 在 79.5% 的膀胱癌组织中特异性降低，并与淋巴结转移相关。通过 miRanda，PITA 和 RNAhybrid 预测，发现有 12 个 miRNA 能与之结合。Pull down 实验表明，miR-558 能在 T24T 和 UMUC3 中与 circHIPK3 结合。CrcHIPK3 则通过吸附 miR-558，调控 HPSE 的转录来影响细胞的迁移，侵袭和血管生成。

原文出处：Yawei Li, Fuxin Zheng, Xingyuan Xiao, et al. The RNA binding protein quaking regulates formation of circRNAs. EMBO Rep. 2017 Sep;18(9):1646-1659.

服务流程

实验设计——样本取材——RNA 抽提——rRNA 去除——线性 RNA 消化——文库构建——测序——数据分析

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