Affymetrix SNP芯片服务

芯片推荐：Genome-Wide Human SNP Array 6.0

芯片介绍：Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0芯片产品涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物：包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化（CNV, Copy Number Variation）的探针:

• 482,000个SNP来自于前代产品500K和SNP5.0芯片；

• 424,000个SNP包括国际HapMap计划中的标签SNP，X，Y染色体和线粒体上具有代表性的SNP,以及来自于重组热点区域和500K芯片设计完成后新加入dbSNP数据库的SNP；

• 202,000个用于检测5,677个已知拷贝数变异区域的探针，这些区域来源于多基因组变异体数据库。该数据库中3,182个非重叠片断区域平均用61个探针来检测；

• 744,000个探针平均分配到整个基因组上，用来发现未知的拷贝数变异区域。

Affymetrix SNP6.0 芯片物理覆盖度

芯片推荐：Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array

芯片介绍：这款芯片与Human SNP 6.0 芯片类似，既包含SNP探针，也包含CNV探针。一共涵盖623,000个SNP和916,000个CNV位点。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array
芯片介绍：芯片覆盖indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多个水稻亚种的44,1000个SNP。 
芯片特点：
1.全基因组覆盖：每10kb至少包括1个SNP，每个SNP设计12个探针技术重复相关系数R2 > 99%。
2.简便的样本：叶组织或抽提的DNA便可快速灵活的对遗传种质进行鉴定和分类。
3.从实验样本DNA到数据快速转换。

产品资料：Axiom® Rice Genotyping Array DataSheet

SBC也可为您提供以下物种的Affymetrix SNP芯片服务：犬、稻、生菜、胡椒、拟南芥、玫瑰、草莓、鳟鱼

基于GeneTitan平台的Axiom基因分型芯片
Affymetrix Axiom平台支持全基因组关联和候选基因关联相关研究。研究者将不再受困于固定内容的芯片，全新的基因分型平台采用酶介导、单碱基测序步骤来确保实验的低成本、分型结果的高重复性和流程的全自动化。该产品参照HapMap和千人基因组计划(1KGP)数据库设计探针，与GeneTitanTM配套使用。

芯片推荐：Axiom® Biobank Genotyping Arrays
芯片介绍：能经济地对大样品集合进行基因分型，如生物样本库、基因组中心及核心实验室筛查的样品。芯片有目录版本和定制版本可供选择。

• 功能强大、适合主要人类族群的高覆盖度分析的全基因组关联研究（GWAS）分型模块；

• 适合外显子组分析Axiom® Exome外显子分型模块；

•  吸收、分布、代谢和排泄(absorption, distribution, metabolism, and excretion ,ADME)及其他临床相关的标记；

•  新发现的功能丧失变异，包括最近外显子组测序项目中发现的序列插入和缺失。

芯片推荐：Axiom® miRNA Target Site Genotyping Arrays
芯片介绍：一款人类全基因组范围评估miRNA靶基因位点的高密度基因分型工具。该芯片可检测在miRNA级联放大反应中影响基因功能的238,000个SNP和插入缺失位点，包括miRNA、它们的mRNA靶基因位点以及沉默机制相关的位点。其中80%的位点是在其他相关基因分型芯片上所没有的。因此也可以用它来补充一些GWAS研究和基因调控相关的研究

芯片推荐：Axiom® Genome-Wide Population-Optimized Human Arrays
芯片介绍：大限度覆盖不同人种的稀有和常见变异，关注与疾病密切相关以及功能相关的SNP，包含Axiom®中国人基因分型芯片(CHB 1和CHB 2)。

芯片推荐：人 Axiom® Exome Genotyping Arrays
芯片介绍：完整的外显子组基因分型芯片，可筛查功能变异，有助于更好的发现新的人类编码区SNP以及插入缺失。

芯片推荐：牛 Axiom® Genome-Wide BOS 1 Bovine Array
芯片介绍：此款芯片是与牛基因分型领域的重要科学家合作开发的，实现了准确的遗传价值评估、全基因组关联研究(GWAS)、生物多样性和连锁不平衡（LD）研究。此芯片旨在大限度提高Bos taurus和Bos indicus品种的遗传和物理SNP覆盖度。芯片超过640,000个SNP标记，代表了来自Affymetrix牛基因组数据库的大约300万个SNP的遗传多样性。

芯片推荐：水牛 Axiom® Buffalo Genotyping Array
芯片介绍：Axiom® Buffalo Genotyping Array带来了多个物种和品系的水牛（Bubalus bubalis bubalis和Bubalus bubalis carabanensis）中多态性SNP的全基因组范围覆盖，这些水牛是意大利、巴西和南亚重要的肉牛和奶牛之一。此芯片是目前市场上一款高密度的水牛基因分型工具，含有90,000个常见和稀有标记。。

芯片推荐：鸡 Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array
芯片介绍：此芯片是一款商业化的高密度鸡基因分型芯片。此芯片包含580,000常见和稀有的变异标记，这些标记存在于商业的蛋鸡和肉鸡以及非商业的远交群中。它适用于蛋鸡和肉鸡的基因组选择研究、全基因组关联研究、高分辨率遗传图谱、孟德尔性状作图及选择进化研究。

芯片推荐：玉米 Axiom® Maize Genotyping Array
芯片介绍：玉米是一个二倍体物种（n=10），其基因组大小为2.5Gb。不同品种的玉米基因组表现出重复DNA和高的基因组与结构多样性。玉米还表现出50-300bp的极低连锁不平衡（LD），从而需要非常高密度的芯片来研究单倍型结构和基因组多样性。Axiom Maize Genotyping Array带来了极高密度的（600K）全基因组SNP覆盖。这些多态性SNP在285个硬粒型（Flint）和马齿型（Dent）玉米中检测到，代表了161个来自世界各地的不同品种。

芯片推荐：三文鱼 Axiom® Salmon Genotyping Array
芯片介绍：此款芯片由Affymetrix联合苏格兰的科学家共同开发，包含130,000个SNP标记。芯片上的高密度标记确保了三文鱼基因组的广泛覆盖，又避免了重要区域的代表性不足。此芯片适用于三文鱼复杂性状研究、分子育种、选择进化研究。

芯片推荐：大豆 Axiom® Soybean Genotyping Array
芯片介绍：此款芯片也称为Axiom® SoyaSNP 96-Array Plate，共包括180,961个标记，适用于对栽培和野生的大豆品种进行基因分型。它是全基因组关联研究和高密度遗传作图的理想选择，可确定野生及栽培大豆种质中的重要适应性基因。

芯片推荐：小麦 Axiom Wheat HD Genotyping Array &Breeder’s Genotyping Array

芯片介绍：小麦的基因分型芯片是通过Affymetrix专家设计项目与英国布里斯托大学合同设计的。芯片有两种：高密度（HD）的芯片包含817,000个SNP位点，而Breeder’s基因分型芯片包含35,000个SNP位点。这些芯片上的标记都可以在CerealsDB网站（http://www.cerealsdb.uk.net/）上查询。

芯片推荐：Affymetrix GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array
芯片介绍：芯片覆盖indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多个水稻亚种的44,1000个SNP。 
芯片特点：1.全基因组覆盖：每10kb至少包括1个SNP，每个SNP设计12个探针技术重复相关系数R2 > 99%。
2.简便的样本：叶组织或抽提的DNA便可快速灵活的对遗传种质进行鉴定和分类。
3.从实验样本DNA到数据快速转换。
产品资料：Axiom® Rice Genotyping Array DataSheet

SBC也可协助研究者根据实验需求，定制Axiom® myDesign™ Genotyping Arrays。 

服务相关(以Affymetrix SNP6.0芯片为例)

样品要求

1.样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间, A260/A230 > 1.5；RNA 应该去除干净；不含有其它个体或其它物种的DNA污染。
2.样品浓度：浓度不低于55ng/µl；
3.样品总量：每个样品总量不少于2µg 。
4样品溶剂：溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA)中。
5.样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染；

服务流程

数据分析

Affymetrix SNP芯片服务应用案例

Affymetrix Axiom HD chicken genotyping array

• 《Scientific Reports》伯豪Axiom平台助力客户发表鸡GWAS研究
  

Affymetrix Genechip Human Mapping 50K Xba array

• PNAS：亚太地区人类基因交流和扩张时间

Affymetrix GeneChip Human Mapping100KArray

• SBC最新参与Science文章

Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0 Array

• 上海交大Nature Medicine发表癌症研究新成果

• 上海伯豪助力类风湿关节炎新易感基因寻找

• Int J Cancer：双微体上的基因有助于维持双微体的稳定

Affymetrix SNP芯片服务

      人类基因组由30亿个核苷酸组成，它们携带着人类的遗传信息并决定人体的生理特征。人类基因组序列的0.1%—0.2%在人种、人群和个体之间存在DNA序列的差异，即单核苷酸多态性（SNP，single nucleotide polymorphism）。许多的这些单核苷酸多态性可引起不同的遗传性状，即遗传的多态性（polymorphism），如ABO血型位点标记，白细胞HLA位点标记和个体药物代谢差异等。了解这些DNA序列的差异和单核苷酸多态性以及这些差异所表现的意义将给疾病的预测、诊断、预后和预防带来革命性的变化。

2005年4月29日，Affymetrix Inc.总裁苏珊西格尔女士率领代表团出席Affymetrix生物芯片上海服务中心的开张和揭牌仪式，标志着SBC成为国内第一个通过Affymetrix认证的，有资质的技术服务商。SBC为客户提供稳定而优质的Affymetrix SNP分析检测服务，为客户提供芯片杂交、洗涤、扫描和数据分析等服务。同时，我们还利用SBC与南方基因中心的合资子公司南方基因科技有限公司引进的Illumina微珠基因分型分析系统为广大科研工作者提供SNP芯片技术服务。

Affymetrix颁发给SBC的SNP 6.0芯片服务认证资格

近年来，SBC利用平台优势，为广大客户完成了多个项目，其中包括运用Affymetrix SNP 6.0芯片完成对狼人综合症疾病的遗传基础研究、Illumina芯片对银屑病易感基因的筛选等（详情请见参考文献）。


Affymetrix SNP芯片服务

芯片推荐：
Affymetrix Genome-Wide Human SNP Array 6.0

芯片介绍：
Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0芯片产品的涵盖超过1,800,000个遗传变异标志物：包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化（CNV，Copy Number Variation）的探针：

（1）482,000个SNPs来自于前代产品500K和SNP5.0芯片；

（2）424,000个SNP包括了源来于国际HapMap计划中的标签SNPs，X，Y染色体和线粒体上更具代表性的SNPs,以及来自于重组热点区域和500K芯片设计完成后新加入dbSNP数据库的SNP；

（3）202,000个用于检测5,677个已知拷贝数变异区域的探针，这些区域来源于多伦多基因组变异体数据库。该数据库中的每个3,182个非重叠片断区域分别平均用61个探针来检测；

（4）744,000个探针平均分配到整个基因组上，用来发现未知的拷贝数变异区域。

具体应用：
除了SNP基因分型之外，还能进行CNV研究。从而能够进行Copy-neutral LOH/UPD检测，亲子鉴定，纯合性分析、血缘关系鉴定。

芯片推荐：
Affymetrix Mouse Diversity Genotyping Array

芯片介绍：
这款芯片与Human SNP 6.0 芯片类似，既包含SNP探针，也包含CNV探针。一共涵盖623,124个SNP位点和916,269个CNV探针。

芯片推荐：
Affymetrix GeneChip Rice 44K SNP Genotyping Array

芯片介绍：
芯片覆盖indica, aus, tropical japonica, temperate japonica, and group V (“aromatic”)多个水稻亚种的44,1000个SNP。

芯片特点：
1.全基因组覆盖：每10kb至少包括1个SNP，每个SNP设计12个探针技术重复相关系数R2 > 99%。
2.简便的样本：叶组织或抽提的DNA便可快速灵活的对遗传种质进行鉴定和分类。
3.从实验样本DNA到数据快速转换。

其它物种商品化SNP芯片包括：
牛（bovine和buffalo），鸡，水稻，生菜，胡椒，拟南芥，狗和小鼠。如有其它物种定制需求，请电话咨询：021-58955370。

服务相关（以Affymetrix SNP6.0芯片为例）
样品要求
1. 样品纯度：OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染。
2. 样品浓度：浓度不低于55ng/µl。
3. 样品总量：每个样品总量不少于1µg。
4. 样品溶剂：溶解在Reduced TE (10mM Tris, pH 8,0，0.1mM EDTA)中。
5. 样品运输： DNA低温运输（-20℃）；在运输过程中请用parafilm将管口密封好，以防出现污染。

服务内容
1. DNA抽提；

2. 样品质检：
用琼脂糖凝胶电泳或LAB-ON-CHIP系统对样品DNA进行质量检测和定量；

3. 实验过程：
a、扩增，标记； b、杂交、洗脱（具体见左图）；
4. 图像扫描：用Affymetrix Scanner3000 7G激光共聚焦扫描仪对杂交结束后的芯片进行扫描；
5. 数据处理：确定检出的SNP位点相应的核苷酸。

数据分析流程
1. SNP位点过滤
（1）Nocall rate>=10%
（2）最小等位基因频率，Minor allele frequency<0.05
（3）不符合哈维平衡的位点，HWE P value<0.001 的位点

2. 频数统计：
计算case/control 组中各等位基因和基因型的频率

3. 关联分析
（1）样品群的分层分析
（2）卡方检验、Fisher精确检验，比较各allele的频率分布在case和control两组中是否具有统计学差异
（3）卡方检验、Fisher精确检验和Cochran-Armitage趋势检验,比较各基因型频率分布在两组中是否具有统计学差异

4. 单倍型分析
（1）选取包含显著的SNP的区段进行单倍型分析，以进一步定位候选区段
（2）频率较高的几种单倍型各自的频率，在case/control两组中的分布状况，卡方统计量及p值，判断单倍型与疾病相关性

结果报告
1、实验数据：原始数据（cel文件），基因芯片数据总表，SNP位点信息。
2、实验文件：SNP芯片实验操作方法。
3、实验图像：SNP芯片扫描图（jgp格式），所有样品的质检电泳图。
4、质检文件：DNA质检报告，SNP Call rate。

生物信息分析结果展示
1. 关联分析
Manhattan plot
全基因组关联研究（Genome-wide association study，GWAS）是用来检测全基因组范围的遗传变异与可观测的性状之间的遗传关联的一种策略。在GWAS研究中的Manhattan图可以用来观测各个染色体中显著差异SNP探针的数据分布。

显示在X-轴为基因组坐标，显示在Y-轴为每个单核苷酸多态性的关联P-值的负对数。
Ikram MK, Xueling S, Jensen RA, Cotch MF, Hewitt AW, et al. (2010) Four Novel Loci (19q13, 6q24, 12q24, and 5q14) Influence the Microcirculation In Vivo. PLoS Genet 6(10): e1001184. doi:10.1371/journal.pgen.1001184.

Chromosome plot
每条染色体上minP的分布，横坐标为染色体上位置, 纵坐标为-log10(minP), 每个点代表一个通过筛选的SNP, 位于棕色线上方的点minP<0.001。以2号染色体为例。

Segment plot
以2号染色体上的某一区段为例。

LD plot
连锁不平衡（linkage disequilibrium）是指基因组中不同基因座间存在的非随机关联，即不同基因座的非等位基因间的非随机组合。LD Plot表示该基因所有snp的的连锁情况，各个方块的颜色由浅至深（白—红），表示连锁程度由低到高，深红色表示完全连锁。

2. 连锁分析
LOD plot
LOD(log odds score), 优势对数记分法．是根据遗传标志与致病基因的连锁,和在家系中的重组值,即两者之间的遗传距离,得出两者连锁的似然性比例。Lod值为0，意味着连锁假设与不连锁假设的可能性相等；Lod值为正值，有利于连锁；Lod值为负值，表示有一定重组率的连锁。显著的域值是﹢3和﹢2。Lod﹦﹢3时，连锁的概率为95％。
图片来源：　http://circgenetics.ahajournals.org/content/4/3/223.full

3. 单倍型分析
单倍型又称单体型，是tagSNP的call在染色单体上的线性排列，单倍型分析的目的是看是否所有患病个体都继承了同样的单体型。在下图中，患病个体画框的里面单体型是一样的。

图片来源：　http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929707622423

SBC应用案例
应用案例一：Affymetrix SNP 6.0芯片揭示先天多毛症遗传缺失
应用案例二：Affymetrix GeneChip Human Mapping 100K芯片揭示亚洲人群的迁徙规律

参考文献
1. Sun M, Li N, Dong W, Chen Z, Liu Q, Xu Y, He G, Shi Y, Li X, Hao J, Luo Y, Shang D, Lv D, Ma F, Zhang D, Hua R, Lu C, Wen Y, Cao L, Irvine AD, McLean WH, Dong Q, Wang MR, Yu J, He L, Lo WH, Zhang X. Copy-number mutations on chromosome 17q24.2-q24.3 in congenital generalized hypertrichosis terminalis with or without gingival hyperplasia. Am J Hum Genet. 2009, 84(6):807-13.

2. HUGO Pan-Asian SNP Consortium, Abdulla MA, Ahmed I, Assawamakin A, Bhak J, Brahmachari SK, Calacal GC, Chaurasia A, Chen CH, Chen J, Chen YT, Chu J, Cutiongco-de la Paz EM, De Ungria MC, Delfin FC, Edo J, Fuchareon S, Ghang H, Gojobori T, Han J, Ho SF, Hoh BP, Huang W, Inoko H, Jha P, Jinam TA, Jin L, Jung J, Kangwanpong D, Kampuansai J, Kennedy GC, Khurana P, Kim HL, Kim K, Kim S, Kim WY, Kimm K, Kimura R, Koike T, Kulawonganunchai S, Kumar V, Lai PS, Lee JY, Lee S, Liu ET, Majumder PP, Mandapati KK, Marzuki S, Mitchell W, Mukerji M, Naritomi K, Ngamphiw C, Niikawa N, Nishida N, Oh B, Oh S, Ohashi J, Oka A, Ong R, Padilla CD, Palittapongarnpim P, Perdigon HB, Phipps ME, Png E, Sakaki Y, Salvador JM, Sandraling Y, Scaria V, Seielstad M, Sidek MR, Sinha A, Srikummool M, Sudoyo H, Sugano S, Suryadi H, Suzuki Y, Tabbada KA, Tan A, Tokunaga K, Tongsima S, Villamor LP, Wang E, Wang Y, Wang H, Wu JY, Xiao H, Xu S, Yang JO, Shugart YY, Yoo HS, Yuan W, Zhao G, Zilfalil BA; Indian Genome Variation Consortium. Mapping Human Genetic Diversity in Asia. Science. 2009, VOL 326: 1541-1545.

3.Jian-Wen Han,Hou-Feng Zheng,Yong Cui,Liang-Dan Sun,Dong-Qing Ye,Zhi Hu,Jin-Hua Xu,Zhi-Ming Cai,Wei Huang,Guo-Ping Zhao,Hong-Fu Xie,Hong Fang,Qian-Jin Lu,Jian-Hua Xu,Xiang-Pei Li,Yun-Feng Pan,Dan-Qi Deng,Fan-Qin Zeng,Zhi-Zhong Ye,Xiao-Yan Zhang,Qing-Wen Wang,Fei Hao,Li Ma1,Xian-Bo Zuo,Fu-Sheng Zhou,Wen-Hui Du,Yi-Lin Cheng,Jian-Qiang Yang,Song-Ke Shen,Jian Li,Yu-Jun Sheng,Xiao-Xia Zuo,Wei-Fang Zhu,Fei Gao,Pei-Lian Zhang,Qing Guo,Bo Li,Min Gao,Feng-Li Xiao,Cheng Quan,Chi Zhang,Zheng Zhang,Kun-Ju Zhu,Yang Li,Da-Yan Hu,Wen-Sheng Lu,Jian-Lin Huang,Sheng-Xiu Liu,Hui Li,Yun-Qing Ren,Zai-Xing Wang,Chun-Jun Yang,Pei-Guang Wang,Wen-Ming Zhou,Yong-Mei Lv,An-Ping Zhang,Sheng-Quan Zhang,Da Lin,Yi Li,Hui Qi Low,Min Shen,Zhi-Fang Zhai1,Ying Wang,Feng-Yu Zhang,Sen Yang,Jian-Jun Liu& Xue-Jun Zhang.Genome-wide association study in a Chinese Han population identifies nine new susceptibility loci for systemic lupus erythematosus.Nature Genetics.18 October 2009|doi:10.1038/ng.472

Affymetrix SNP 芯片服务信息由上海伯豪生物技术有限公司为您提供，如您想了解更多关于Affymetrix SNP 芯片服务报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途