单细胞ATAC-seq:道理能说千千万，不如落实真拼干

若干年后，人们在讨论单细胞ATAC-seq时，2018年一定是不容忽视的一个年份。

根据Web of Science统计数据，2018一年ATAC-seq文章发表数目骤增至26篇，几乎达到前些年文章数目的总和。

另外一个重要的评价因素是， 10X Genomics于2018年年底正式推出了第一个商业单细胞ATAC-seq产品及实施方案。

在过去的一段时间内，关于单细胞ATAC-seq各种技术原理和高分文章的解读也随之而来，例如《10X Genomics单细胞ATAC-seq技术简介》。

道理能说千千万，不如落实真拼干！欧易生物在单细胞ATAC-seq方面，目前已经研发完成丰富的分析内容。小编在此仅通过10X Genomics官方提供的小鼠样本数据，为各位看官展示部分分析内容。

测序质控结果

基于10X Genomics官方cellranger-atac软件得到每个样本的质控报告，部分结果如下：

A:测序质量评估；B:有效细胞数；

C:插入片段统计；D:TSS富集分析

分析结果展示

Bulk ATAC-seq分析

对不同样本鉴定到的peak进行基因组区间分布统计，同时比较不同样本之间染色质开放位点差异，以及这些差异位点临近基因的GO和KEGG富集分析。

A:peak分布统计；B:Venn差异分析；

C:临近基因GO富集分析；D:临近基因KEGG富集分析

Motif注释分析

将鉴定到的染色质开放位点同转录因子数据库JASPAR关联，可以得知每个Motif注释的变异性，并且根据Motif注释结果进行样本聚类。

A:Motif可变性统计；B: Motif聚类分析

聚类分析

通过t-SNE直接对样本进行降维、聚类分析，可以分析样本之间的相似性，或分析不同批次之间的批次效应；通过无监督聚类，可以预测细胞的实际分群情况；同时可以将不同亚群的细胞同ImmGen数据库关联，进行细胞类型的鉴定。

A:样本聚类分析；B: 无监督聚类分析；C:细胞类型鉴定

深入挖掘分析

根据染色质开放性可以预测临近基因的调控网络，同时也可以预测细胞发育过程的动态变化。

A:Cis调控预测；B: 拟时序分析

单细胞ATAC-seq可进行的分析内容远远不仅上面的这些，而且每一种分析内容都可以通过多种算法获得最优分析结果。由于篇（lao）幅（ban）有（bu）限(rang)，小编下次再和您一一道来。

最后，小编想对各位看官说：粮草已备，只待君征！

欧易生物是国内较早引进10X Genomics平台的机构之一，打造了专业的单细胞分析团队，积累了丰富的单细胞项目经验，同时也成功举办过多期广受好评的单细胞测序培训班。欧易生物期望助力各位科研工作者，期待与您合作。

END

本文系欧易生物原创

转载请注明本文转自欧易生物