ceRNA分析项目

ceRNA(competing endogenous RNA，竞争性内源RNA)能与其它RNA转录本竞争相同的microRNA，从而实现相互间的交流与调节，包括蛋白编码基因、假基因和长链非编码RNA。
ceRNA假说是基于近期一系列关于RNA转录本之间相互对话的研究而提出的。microRNA是长短约22nt的短链RNA，能够通过抑制目的基因的翻译或降解目的基因，从而反向调节目的基因的表达。ceRNA假说认为ceRNA通过与mRNA竞争相同的microRNA反应元件（MREs）从而调节转录本的表达。不管是否编码蛋白，对于RNA转录本来说，彼此都能竞争与microRNA的结合，互相调节，从而构成庞大的ceRNA网络（ceRNETs）。

用途

利用miRNA芯片数据，lncRNA/circRNA芯片数据，结合miRNA靶基因预测软件
寻找mRNA与lncRNA共同靶向的miRNA，构建ceRNA网络

前置分析条件

需要提供miRNA表达数据，lncRNA/circRNA表达数据，mRNA表达数据
需要提供对应的miRNA，lncRNA/circRNA, mRNA的序列
样本量不能少于6个

分析结果

·  miRNA_target
·  Correlation；
·  miRNA_target –filtered
·  ceRNA_score
·  ceRNA_score-filtered
·  ceRNA_network

Demo示例

Demo结果解读

图中展示了mRNA与lncRNA共同调控的miRNA，其中红色点对应mRNA，
绿色点对应lncRNA，蓝色点对应miRNA，点的大小表示与周边联系的多少

案例展示
案例一  鉴别肺结核中circRNA的表达特征及构建ceRNA调控网络

研究背景
肺结核（PTB）是由结核杆菌引起的慢性疾病，对人类健康构成严重威胁。circRNA被认为在许多疾病的发病机理和发展过程中具有潜在的调控作用，然而，PTB中circRNA的表达模式和调控机理仍有待于研究。
研究内容与结果
苏州大学生物与基础医学学院老师采集3例肺结核患者和3个正常人的全血样品进行全转录组测序，筛选发现170个circRNA的表达量发生了显著性变化。作者阐明了肺结核中circRNA的表达特征，GO和KEGG功能分析发现，一些免疫通路如MAPK信号传导通路、癌症中的内吞作用通路出现富集。构建了肺结核中circRNA的ceRNA调控网络。

技术路线

ceRNA调控网络

参考文献

Zhang X, Zhu M, Yang R, et al. Identification and comparison of novel circular RNAs with associated co-expression and competing endogenous RNA networks in pulmonary tuberculosis. Oncotarget.2017, 8(69):113571-113582. (IF: 5.168)

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