调控网络分析

基于各种调控关系（miRNA-mRNA，miRNA-GO，miRNA-KEGG，mRNA-GO，mRNA-KEGG, lncRNA-mRNA, TF-mRNA, STRING PPI Network等）构建对应调控网络图，挖掘网络中的调控关系，获取核心因子。

用途
展示各种调控关系网络，挖掘核心调控分子

1.STRING调控网络

Demo 示例

Demo 结果解读

上图展示了基于STRING数据库的关系对重新绘图的结果，其中红色表示上调，绿色表示下调，点的大小表示与周边的联系多少，实线表示有实验证据支持这两个基因之间存在调控关系，虚线表示无实验证据支持，线条的粗细表示作用关系的强弱，关系越强，线条越粗。

2.lncRNA_mRNA_TF调控网络

Demo 示例

Demo 结果解读

上图展示了基于lncRNA 转录因子分析的数据绘图的结果，其中红色为lncRNA，蓝色为转录因子，绿色为mRNA，点的大小表达与周边联系的多少。

3.Pathway Network调控网络

Demo 结果解读

上图展示了基于KEGG数据库的pathway关系对网络图，其中每个节点代表一个pathway，点的大小代表与周边联系的多少。

案例展示
案例一  三阴性乳腺癌中TRA2A通过调控可变剪切促进紫杉醇耐药性和肿瘤发展

研究背景
目前仍缺乏治疗三阴性乳腺癌（TNBC）的有效手段，其中，紫杉醇耐药是治疗主要的障碍之一。已证实选择性剪接的失调可能会导致肿瘤发展和化疗耐药。人类选择性剪接调控基因TRA2有两个旁系同源基因分别负责编码TRA2A和TRA2B，已有研究证明TRA2B与癌细胞存活和治疗敏感性有关，但TRA2A在肿瘤发展中发挥的功能尚不清楚。

研究内容与结果
欧易生物携手天津医科大学，对过表达TRA2A的细胞株和正常细胞株进行表达谱芯片筛选，发现抗性细胞株中TRA2A特异性高表达。分析结果中得到TRA2A调控的可变剪接基因有CALU、RSRC2和PALM。最终研究表明三阴性乳腺癌中TRA2A可以增强癌细胞的增殖、迁移和侵袭能力。此外，验证TRA2A可以通过调控与癌相关的可变剪接基因RSRC2来增强乳腺癌细胞对紫杉醇的抗性的功能。

技术路线

A)TRA2A影响的可变剪切示例；B) TRA2A影响的可变剪切事件以及
C)正负调控百分比的统计分析；D) TRA2A影响靶基因的GO富集分析；
E,F)富集条目中的基因的PPI结果；G)靶基因中与癌症相关基因的GO富集分析；H,I) TRA2A过表达定量结果分析

参考文献
Liu T, Sun H, Zhu D, et al. TRA2A Promoted Paclitaxel Resistance and Tumor Progression in Triple-Negative Breast Cancers via Regulating Alternative Splicing. Mol Cancer Ther.2017,16(7):1377-1388. (IF: 5.579)

调控网络分析信息由上海欧易生物医学科技有限公司 为您提供，如您想了解更多关于调控网络分析报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途