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de novo测序也叫从头测序,不需要任何基因序列信息即可对某个物种进行测序。用生物信息学的分析方法对测读序列进行拼接、组装,从而获得该物种的基因组序列图谱。随着新一代测序技术的飞速发展,大大降低了基因组测序的成本和时间,为研究新物种全基因组序列提供了一个崭新的研究平台。
采用Illumina第二代高通量测序平台和PacBio第三代测序结合的方法,对未知物种的个体进行基因组测序,Illumina能产生海量的数据,可为动植物基因组组装提供高覆盖度的数据, PacBio第三代测序平台能产生非常长的读长,能跨越基因组中高重复、高杂合等复杂区域,从而能得到非常好的基因组组装结果。从基因组水平上对物种的生长、发育、进化、起源等重大问题进行研究,将加深我们对物种的认识,在发掘重要的功能基因、培育优良新品种,加速分子育种进程及相关物种的各种研究提供可靠的基础。
技术路线:
数据分析:
1、 基因组组装
2、 基因组注释
· 重复序列分析与注释;
· 基因预测;
· 基因功能注释;
· ncRNA注释。
3、 动植物比较基因组学与进化分析
· 基因家族分析;
· 物种系统发育树构建;
· 基因组共线性分析;
· 全基因组复制分析。
4、基因组数据库网站的建立
参考文献:
1、Kim,et al.Genome sequence of the hot pepper provides insights into the evolution of pungency in Capsicum species. Nat Genet. 2014: 10.1038
2、Wang X,et al.The locust genome provides insight into swarm formation and long-distance flight.Nat Commun.2014;5:2957.
3、venkatesh B,et al.Elephant shark genome provides unique insights into gnathostome evolution.Nature. 2014;505(7482)
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