蛋白质组和生物质谱-蛋白从头测序和突变分析-技术服务

蛋白质组和生物质谱-蛋白从头测序和突变分析-技术服务-详情

蛋白分子在试剂盒研发、诊断试剂开发和药物研发中扮演了关键的角色。蛋白分子本身的一级结构是发挥其生物学功能的核心，因此，对蛋白质完整序列准确快速的分析有助于未知蛋白质的功能研究，并且对包括单克隆抗体在内的蛋白类药物研发生产具有十分重要的意义。传统的蛋白序列分析技术，无论是基于MALDI-TOF质谱仪还是基于nanoLC-MS/MS平台，在蛋白鉴定过程中都需要借助包含被鉴定蛋白在内的序列数据库，再将质谱测定的分子量数据与数据库理论序列碎裂之后得到的分子量数据进行比对，以实现对蛋白质的测序和鉴定。

在实际的蛋白序列分析过程中有许多蛋白质的信息是不包含在现有数据库中的，比如一个未被报道过的全新蛋白，或者从一个全新物种中纯化出来的蛋白。还有很多情况下，我们能够得到部分的理论数据，但是缺失的那一部分才是关键，比如市场上经过商业改造的酶，酶的序列改造信息对于打算进行逆向工程的竞争对手来说是技术壁垒，因为序列变化是多种多样的（点突变、缺失、插入、替换、修饰、融合等），这样就存在着成千上万种可能性，而且通常又没有任何方向线索可寻；不仅是试剂盒中的某个酶，许多蛋白药物同样需要通过突变进行优化以增加产量或者稳定性；还有很多情况下蛋白序列产生了某些突变，即便是在一个药物中发生了很少的序列突变也可能会造成生物活性的改变和产生人体免疫反应，进而造成巨大商业损失。由上述对未知蛋白质序列和突变分析的需求出发，百泰派克公司基于高分辨率质谱仪Obitrap Fusion Lumos，结合丰富的生物信息学分析经

蛋白从头测序和突变分析流程

蛋白从头测序和突变分析流程

平台优势：

1-. 蛋白全序列覆盖（100% Sequence Coverage）

在蛋白质序列测定过程中我们会选择5种不同的蛋白酶进行酶切，利用不同酶切肽段之间的互补性实现蛋白分子100%全序列的拼接。

2. 先进的数据处理算法

我们基于发表在Nature Biotechnology和专业的蛋白组学杂志JPR上的文献，结合现有的专业进行数据库非依赖性的蛋白序列分析的软件PEAKS Mass Spectrometry Software，开发了自己的质谱原始数据计算方法，采用宽进窄出的原则，在不遗漏任何有效数据信息的同时实现了蛋白序列的准确鉴定。

3. 高精度和准确性

我们在测序过程中会使用高分辨率和高灵敏度的Orbitrap Fusion Lumos质谱仪；与老一代的质谱仪（例如Obitrap Elite、Q Exactive等）相比，Lumos在提高了一级二级质谱扫描速度的同时保证肽段分子量的准确性；一级质谱扫描速度的提高，有助于同一个肽段可以更多次的被鉴定到，提高了结果的可信性；二级质谱扫描速度的提高可以更好的进行片段碎裂（如下图所示），从而保证结果的准确性，并可以通过二级碎裂片段的特征峰实现亮氨酸和异亮氨酸的准确判定。

蛋白从头测序和突变分析2

4.严谨的序列预测和严格的序列验证

我们对测序的结果会首先进行序列的预测，同时，我们还会以测定的序列建立新的数据库，采用Sequence Confirmation的模式对采集到的质谱数据再次进行分析，只有完全匹配的结果我们才会提供给客户。

应用领域

1. 在学术研究中根据研究论文发表需要，精准测定未知蛋白或者肽段的序列信息；

2. 精准测定经过商业化改造的蛋白质和酶的序列。许多商业价值高的蛋白质（绝大多数是酶）的氨基酸序列经过特定改造，使蛋白质产品比天然蛋白质具有更好的特性。由于这些序列改变的蛋白质的确切基因序列或氨基酸序列往往是非公开的，而这些蛋白质产品却是容易得到，所以准确测定这类蛋白质产品的序列有很大的商业价值；

3. 精准测定稳定细胞系表达蛋白的序列。在细胞系的构建和储藏中容易发生突变（也称为序列差异，sequence variant (SV)，并且有时在一个产品中含量很少的SV也可能会造成生物活性的改变和产生人体免疫反应，进而造成巨大潜在风险。所以，在大规模生产之前检测出这种天然的突变及其重要。我们开发的方法可以检测低至1个氨基酸的序列差异，而且检测范围可以覆盖整个蛋白/抗体序列。

中/英文项目报告

在技术报告中，百泰派克会为您提供详细的中英文双语版技术报告，报告包括：

1. 实验步骤（中英文）

2. 相关的质谱参数（中英文）

3. 质谱图片

4. 原始数据

5. 肽段序列信息

6. 蛋白质序列与突变信息

联系我们

服务项目

蛋白分析

蛋白质组学

代谢组学

多组学整合分析

生物药物表征

单细胞分析

检测平台

基于生物化学、分子生物学、色谱的检测分析平台：该平台配备了Agilent 2100 生物分析仪、 ProteinSimple凝胶成像系统、高效液相色谱系统，为蛋白质组学、代谢组学分析保驾护航，包括样品制备、分离纯化、分子量测量、杂质表征表达研究等；

基于质谱技术的蛋白质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋白测序平台：该平台配备了超高效液相色谱质谱联用，Orbitrap Fusion Lumos Tribri，Thermo Scientific Exploris以及氢氘交换质谱仪配合机械臂为蛋白质组学、代谢组学和蛋白测序提供了全面的分析手段，包括蛋白质和代谢物的分离、质谱分析、结构分析以及动态信息研究；

生物药物表征平台： 该平台配备了DSC-FTRR差示扫描量热仪与傅立叶变换拉曼光谱仪，氢氘交换质谱仪配备机械臂，为生物药物表征提供了全面的分析手段，包括生物药物的分离、纯化、结构分析和动态信息研究；

基于10x Genomics的单细胞分析平台：该平台能够完成基于10x Genomics单细胞分析平台的检测流程，包括单细胞分选、cDNA合成、文库制备、文库质量检测、PCR扩增以及高通量测序；

基于Fluidigm的单细胞质谱流式检测平台：采用基于Fluidigm Helios流式细胞仪（Mass Cytometry System for Single Cell Analysis）用于单细胞质谱分析，该平台能够完成包括单细胞捕获、cDNA合成、实时定量PCR分析、目标区域扩增以及质谱流式细胞分析；

基于高精度质谱的免疫多肽组学及免疫学检测平台：基于高精度质谱的免疫多肽组学及免疫学检测平台，能够完成包括多肽分离、纯化、合成、质谱分析、免疫学检测以及分子相互作用研究；

生信云平台：基于生物信息分析方法的生信云平台，能够完成一整套的生物信息学解决方案，包括组学数据的质量分析、差异表达分析、差异表达物GO、KEGG、COG注释分析、聚类分析、相互作用网络等多层次网络和通路的分析。

特色项目

一、蛋白测序

蛋白测序服务两种主要分析方法

蛋白测序服务两种主要分析方法：Edman降解（Harvey和Ferrier，2011；Bauer等，1997）和质谱分析（MS）（Sahukar等，2016）。蛋白质测序和鉴定常用质谱法，Edman降解法是表征蛋白质N端重要的方法之一。

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap FusionLumos质谱仪及岛津公司Edman降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于Edman降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

蛋白测序服务流程

蛋白测序服务优势

1 .采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6. 测序不受N端封闭，PEC和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

蛋白质组的研究不仅能为生命活动规律提供物质基础，也能为众多种疾病机理的阐明及攻克提供理论根据和解决途径。通过对正常个体及病理个体间的蛋白质组比较分析，我们可以找到某些“疾病特异性的蛋白质分子”，它们可成为新药物设计的分子靶点，或者也会为疾病的早期诊断提供分子标志。确实，那些世界范围内销路好的药物本身是蛋白质或其作用靶点为某种蛋白质分子。因此，蛋白质组学研究不仅是探索生命奥秘的必须工作，也能为人类健康事业带来巨大的利益。蛋白质组学的研究是生命科学进入后基因时代的特征。

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap FusionLumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOFPro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

不同技术的比较

蛋白质组学服务优势

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物。

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确

三、单细胞质谱流式技术分析

单细胞质谱流式（MassCytometry）技术利用质谱技术对单细胞进行多参数检测，既有传统流式细胞术能够高速分析的特点，又兼并了质谱检测的高分辨能力。能够指定检测蛋白，避免漏掉丰度很低但又很重要的蛋白，且质谱流式技术通量相当高，可以实现大量细胞的检测。

百泰派克生物科技单细胞质谱流式分析方案

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

单细胞质谱流式服务优势

①技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

②分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

③应用前景大

a)流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

b)将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

c)可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现分析策略

结果交付

1.所有鉴定的免疫多肽列表，新抗原肽以及肿瘤相关抗原肽列表；
2. 免疫多肽组数据质量分析，如研究案例中的数据报告。

五、生物药物表征

生物制药是通过现代医学研究手段结合生物生产技术研发生物医药技术产品，主要包括蛋白质、多肽、抗体、疫苗，以及生物诊断试剂等产品。近年来我国的生物医药领域一直保持着稳定发展速度，也一直占据着生物研究的热点。但是生物制品由于生物过程复杂，影响因素众多，使得生物制品在生产过程中可能引入新的杂质，或者造成生物制品本身结构性质变得不均一。这些因素可能削弱生物药物的疗效，甚至造成生物毒性和机体免疫反应等不良结果。所以生物药物在进入临床测试之前必须经过一系列严格检测来确定生物药物是否合规。百泰派克了解生物制药领域开发所面临的挑战，专注于提供完整的生物药物鉴定和分析服务。

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDITOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

生物药物表征服务内容

联系我们

百泰派克生物科技 - 生物药物表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司（Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP）从事以生物质谱为依托的生物药物表征，大分子物质（包括蛋白质、多肽、代谢物）质谱分析以及小分子物质检测服务。

1、公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2、获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3、业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4、7大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5、服务3000+企业，10000+客户的选择；

6、致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

蛋白质组和生物质谱-蛋白从头测序和突变分析-技术服务信息由北京百泰派克生物科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于蛋白质组和生物质谱-蛋白从头测序和突变分析-技术服务报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途