原理：

甲基化特异性的PCR是一种灵敏度高且操作相对简单的甲基化研究方法。重亚硫酸盐处理DNA后，基因组DNA发生的由甲基化状态决定的序列改变。随后进行引物特异性的PCR。该方法引物设计是关键。MSP中设计两对引物，即一对结合处理后的甲基化DNA链（引物对M），另一对结合处理后的非甲基化DNA链（引物对U）。检测MSP扩增产物，如果用引物M能扩增出片段，则说明检测位点存在甲基化；若用引物U扩增出片段，则说明被检测的位点不存在甲基化。

该方法优点是：检测灵敏度高，样品消耗少，仅需1μg的基因组DNA，可用于石蜡包埋样本；快速、简单，省时。
 

MSP流程示意图

用亚硫酸盐处理后DNA分子发生了由甲基化状态决定的序列改变。用甲基化特异性的引物（primer M）和非甲基化特异性的引物（primer U）进行扩增。只有结合完全的甲基化或非甲基化特异性引物的片段才能得到扩增。