化合物对细胞的影响，除采用针对细胞整体变化的增殖毒性检测、蛋白检测等外，还提供具体基因检测分析。基因分析主要采用实时荧光定量PCR技术与基因芯片技术进行检测。

一、实时荧光定量PCR技术

        荧光定量PCR(realtime PCR)检测，是指在PCR反应体系中加入荧光基团，利用荧光信号积累实时检测整个PCR进程，最后通过标准曲线对未知模板进行定量分析的方法。 

        利用荧光信号的变化实时检测PCR扩增反应中每一个循环扩增产物量的变化，通过Ct值和标准曲线的关系对起始模板进行定量分析 。

基线

        是指在PCR扩增反应的最初数个循环里，荧光信号变化不大。接近一条直线，这样的直线即是基线。

Ct值

        PCR扩增过程中，扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时所经过的扩增循环次数。

注意事项

样本种属：人、大鼠、小鼠、兔等

样本编号：编号明确

基因名称：基因名称准确或者提供NCBI序列号

内参选择：GAPDH、b-actin、18S

样品保存：细胞、组织、血浆、血清、尿液及其他，要保持低温，防止RNA降解。

二、基因芯片

基因芯片（又称 DNA 芯片、生物芯片）

        技术系指将大量（通常每平方厘米点阵密度高于 400 ）探针分子固定于支持物上后与标记的样品分子进行杂交，通过检测每个探针分子的杂交信号强度进而获取样品分子的数量和序列信息。

        通俗地说，就是通过微加工技术 ，将数以万计、乃至百万计的特定序列的DNA片段（基因探针），有规律地排列固定于2cm2 的硅片、玻片 等支持物上，构成的一个二维DNA探针阵列，与计算机的电子芯片十分相似，所以被称为基因芯片。 

        合研生物的基因芯片分析平台利用美国SABiosciences公司（现QIAGEN公司）开发的第二代功能分类基因芯片（Real-time PCR芯片）进行高通量的基因标志物分析。这种芯片结合了实时荧光定量PCR的优点，可在一次实验中准确定量检测上百个基因的mRNA水平，将基因芯片的检测精度提高到与实时荧光定量PCR相当的水平。本平台利用平台QIAGEN的miScript miRNA PCR Array进行miRNA的高通量检测，可以一次分析多个样本的miRNA或分析少量样本的多个miRNA水平。 

        基因芯片技术由于同时将大量探针固定于支持物上，所以可以一次性对样品大量序列进行检测和分析，从而解决了传统核酸印迹杂交（Southern Blotting 和 Northern Blotting 等）技术操作繁杂、自动化程度低、操作序列数量少、检测效率低等不足。而且，通过设计不同的探针阵列、使用特定的分析方法可使该技术具有多种不同的应用价值，如基因表达谱测定、实变检测、多态性分析、基因组文库作图及杂交测序等。

基因芯片与二代测序

        生物芯片与第二代测序都是基因组学研究的重要手段。

        生物芯片相对第二代测序而言，优势在于价格便宜，便于分析。缺点则在于必须有参考序列（因为生物芯片的探针设计就是根据参考序列设计的）。

不同点：

        基因芯片的本质是核酸杂交。只不过是同时进行上万个核酸杂交而已；第二代测序在本质上是PCR.先用PCR的方法构建测序文库，随后再以“边合成边测序”或者“连接介导的测序”，得到序列信息；由于是核酸杂交，不需要扩增。因此基因芯片是个相对封闭的系统，只能检测序列已知的片段的浓度；另外，由于不需要扩增，保真性也较好。第二代测序本质上是测序，因此是个开放的系统，能检测到那些没有参考序列的片段，并且给出序列。

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