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环状RNA(circRNA)芯片技术服务

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参考报价: 面议 型号: 环状RNA(circRNA)芯片技术服务
品牌: 数谱 产地: 全国
关注度: 暂无 信息完整度:
样本: 暂无样本 典型用户: 暂无
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 环状RNA(circRNA)是一类由特殊剪接机制形成的、具有闭合环状结构、大量存在于真核转录组中的非编码RNA,也是目前生命科学和医学领域的研究热点分子。circRNA分子的组织特异性、疾病特异性、时序特异性及高稳定性等特征,使得circRNA作为临床疾病的biomarker具有明显的优势。近来研究显示,环状RNA在不同物种中起到miRNA海绵的作用,称之为竞争性内源RNA(ceRNA),即能竞争性结合miRNA。而与疾病关联性miRNA的相互作用说明环状RNA对疾病的调控起着非常重要的作用。此外,一些内含子类型的环状RNA(ciRNA)会促进宿主基因的转录。

       为了能够更好地研究circRNA,美国Arraystar公司迅即升级版本为V2.0。其circRNA来源融合了环状RNA研究的高水平文献,所有cicrRNA都经过了严谨的实验验证,以便于对不同生理及病理条件下的circRNA进行系统的研究。同时我们对所有差异表达的circRNA用高匹配值的miRNA靶标位点进行了标注,这将有利于对circRNA作为天然miRNA海绵功能的进行研究。研究者使用该款芯片发表的超过350篇高水平SCI文章,点击此处了解。

 

芯片特点:

▪  实用的高灵敏度和特异性的circRNA表达谱检测平台。

▪  针对环状反向结合位点的特异性探针、线性RNA去除和高效的circRNA标记,确保circRNA 表达谱检测的高特异性、高准确度和高可信度。

▪  针对circRNA生物学功能的详细注释信息,例如,miRNA结合位点,miRSVR 得分以及保守性,方便研究circRNA作为miRNA sponge的功能。

▪  基于circRNA特殊的分子特征,芯片是优于测序的高通量检测选择。了解更多>>

 

Aksomics(原康成生物)是Arraystar公司中国地区唯一代理商,为您提供一站式circRNA芯片技术服务,您只需要提供保存完好的组织或细胞标本,Aksomics的技术服务人员就可为您完成全部实验操作,并提供完整的实验报告。

Arraystar公司circRNA芯片产品列表

芯片规格描述
Human circular RNA Array V2.08x15K13,617 human circular RNAs
Mouse circular RNA Array V2.08×15K14,236 Mouse circular RNAs
Rat circular RNA Array V2.08×15K14,145 Rat circular RNAs
 
▪  Circular反向剪接位点特异性探针

可以很好区分对应的线性分子,确保circRNA分子检测的可靠性和准确度(图1)。

图1. Arraystar circRNA芯片 V2.0使用针对circRNA反向剪接位点设计探针进行检测,可以准确识别并定量单个circRNA的表达,并很好区分其对应的线性转录本。上图中的线性RNA可以通过可变剪切,其中一部分外显子环化形成上图中circRNA,检测circRNA的特异性探针靶向结合外显子B的3’端和外显子A的5’端连接的环化位点。

 

▪  详细的circRNA-miRNA 注释信息

Arraystar circRNA芯片结果注释里提供circRNA分子上潜在的miRNA结合位点有助于探索其miRNA sponge的功能(图2)。

图2.circRNA与保守的miRNA结合位点信息的详细注释

 

▪  circRNA芯片更适合于circRNA的检测:鉴于circRNA分子的特性,circRNA芯片是比RNA测序更合适的方式  获取更多 >

1)比对到circRNA反向剪接位点附近序列仅占了circRNA数据量很少一部分的,远少于同等丰度的线性转录本。

2)对circRNA 定性仅需要很少的counts,但表达值的准确定量需要数百个counts以上。

3)结合大量测序数据和研究,大部分已知的circRNA仅检测到很少的counts,不能有效进行差异表达的分析(图3)。

简而言之,CircRNA测序适用于发现新的circRNA分子,但对于大部分的circRNA,测序无法准确分析其表达差异。

图3.定量可靠的转录本比例与测序深度关系图。 RNA测序中一般产生低于30M 的mRNA  reads(蓝色的点),小于0.5M 的circRNA junction reads(红色的点)。能够准确定量的circRNA 少于5%。(Adopted from Labaj et al, (2011) Bioinformatics [PMID 21685096]. )

 

▪  优质的检测结果

灵敏度更高:芯片检测范围跨越5个数量级,可以准确定量低丰度的circRNA(图4)。

图4:Arraystar circRNA芯片 可以准确检测5个数量级范围内的动态表达。

 

高重复性:Arraystar circRNA芯片的技术重复数据显示了高相关性(R2>0.9) (图5)

图5. Arraystar circRNA芯片的高重复性


数据库
 

Human Database

探针总数13,617
探针长度60 nt
探针设计靶向circRNA特异性反向剪接位点
探针特异性转录本特异性
标记方法随机引物+样本RNase R前处理确保circRNA被特异性且高效的标记Random primer labeling coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNAs.
Circular RNA 来源
Salzman's circRNAs [4]8,529
Memczak's circRNAs [3]1,601
Zhang's circRNAs [6]93
Zhang's circRNAs [5]4,980
Jeck's circRNAs [2]3,769
Guo's circRNAs [1]5,536
芯片规格8 * 15K

Mouse Database

探针总数14,236
探针长度60 nt
探针设计靶向circRNA特异性反向剪接位点
探针特异性转录本特异性
标记方法随机引物+样本RNase R前处理确保circRNA被特异性且高效的标记Random primer labeling coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNAs.
CircRNA 来源
Memczak's circRNAs1,750
Guo's circRNAs570
You's circRNAs13,300
芯片规格8 * 15K

Rat Database

探针总数14,145
探针长度60 nt
探针设计靶向circRNA特异性反向剪接位点
探针特异性转录本特异性
标记方法随机引物+样本RNase R前处理确保circRNA被特异性且高效的标记Random primer labeling coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNAs.
CircRNA来源
You Xintian's circRNAs [7]12,298
Mouse circRNA orthologs1,668
Human circRNA orthologs179
芯片规格8 * 15K

References

1. Guo, J. U., V. Agarwal, et al. (2014). "Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs." Genome Biol 15(7): 409.
2. Jeck, W. R., J. A. Sorrentino, et al. (2013). "Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats." RNA 19(2): 141-157.
3. Memczak, S., M. Jens, et al. (2013). "Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency." Nature 495(7441): 333-338.
4. Salzman, J., R. E. Chen, et al. (2013). "Cell-type specific features of circular RNA expression." PLoS Genet 9(9): e1003777.
5. Zhang, X. O., H. B. Wang, et al. (2014). "Complementary sequence-mediated exon circularization." Cell 159(1): 134-147.
6. Zhang, Y., X. O. Zhang, et al. (2013). "Circular intronic long noncoding RNAs." Mol Cell 51(6): 792-806.7. You X., I. Vlatkovic, et al. (2015). "Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity." Nat Neurosci 18(4): 603-610. .

实验流程
• 样品总RNA抽提

• RNA质量检测:使用Nanodrop测定总RNA在分光光度计260nm、280nm和230nm的吸收值,以计算浓度并评估纯度;使用甲醛变性琼脂糖凝胶电泳检测RNA完整性

• RNase R 处理

• cDNA 合成

• 标记

• 芯片杂交及扫描

• 数据分析及报告整理

图释.:Arraystar circRNA芯片实验流程,样本RNase R前处理+随机引物标记体系确保去除线性转录本而特异性且高效地标记circRNA


结果展示

• 提供详尽的circRNA-miRNA相互作用注释

Arraystar 环状RNA芯片提供circRNA可能结合的miRNA,并注释潜在的结合位点,这将有助于研究者进一步探索环状RNA作为miRNA吸附海绵的功能作用。

图1:circRNA及其可能结合的microRNA

• circRNA差异表达分析

差异表达circRNA是通过表达值变化倍数及统计学显著性指标p值筛选得到,这部分circRNA将通过火山图进行展示;circRNA表达模式则会通过聚类图进行展示。

图2. 差异表达circRNA、它们可能结合的microRNA及这些microRNA Response Elements (MREs)的详细展示。



环状RNA(circRNA)芯片技术服务信息由数谱(上海)生物科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于环状RNA(circRNA)芯片技术服务报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。

注:该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案,不可用于临床诊断或治疗等相关用途

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