ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing）是利用转座酶研究染色质可及性的高通量测序技术。单细胞ATAC测序在表观基因组学水平上，揭示单细胞染色质的可及性问题，区分细胞异质性，获得开放染色质的位置、转录因子的结合位点、核小体的调控区域和染色质状态等信息，是单细胞表观遗传学的重要突破。

—— 单细胞ATAC测序能干什么？——

探究细胞分化发育过程

揭示肿瘤微环境

探究疾病的致病机制

绘制染色质开放图谱

—— 技术原理 ——

基于10×Geomics ChromiumTM动态微流控技术，通过带有特定barcode标签的凝胶磁珠（beads）来标记细胞核，形成独立的油包水结构，进一步对Tn5转座酶酶切后的短片段进行PCR扩增，最后去除油滴，将所有的序列混合在一起，进行上机测序。

—— 技术优势 ——

ATAC切割没有偏好性，能完整地捕获整个开放区域

所需的细胞数量少，最少500个细胞即可测序

细胞核捕获率高达65%

适用于培养的细胞系，血液，新鲜和冻存组织等样本

烈冰自主搭建分析云平台，一键实现数据分析。

—— 烈冰服务方案 ——

单细胞ATAC测序实验流程

样本要求
样本类型：制备好的单细胞悬液，血液，培养的细胞系，冻存组织（限于脑和心脏组织）等。
质量要求：细胞活性大于80%，浓度为500-2000细胞/μl，体积不小于200μl，细胞培养基及缓冲液不能含Ca²⁺和Mg²⁺，细胞直径小于40μm。

单细胞ATAC测序数据分析流程
针对每个样本的单细胞scATAC-seq测序数据，对所有检测到的细胞进行分群并鉴定细胞类型，TF-motif鉴定和富集程度分析，Peak相关基因分析及差异可及性位点分析。其中包括：1）预处理（质量控制(QC)和比对）；2）基本分析（peak calling、聚类、TF-motif、细胞亚群、marker基因、信号通路富集分析）。

部分结果示例

原始数据预处理

 

peak calling

聚类分析：通过t-SNE/Umap进行降维展示样本的细胞分群情况,图为t-SNE展示结果。

差异peak分析：针对特定亚群，进行亚群间差异Peak筛选，获得亚群间差异表达基因。

 

共可及性分析：利用单细胞染色质可及性数据预测基因组中更有可能在细胞核物理上接近的区域，并得到基因组区域顺式结构的整体结构。

单细胞ATAC与单细胞转录组测序联合分析：实现对每种细胞类型的基因调控网络、潜在的染色质结构和关键转录因子的探测。

烈冰生物具备全套单细胞ATAC分选平台，为您提供完整的单细胞核测序全服务流程，涉及各种类型样本核制备、完善的实验质控流程、个性化的数据分析。

欢迎致电 021-51827998 联系我们。

单细胞ATAC测序服务（single cell ATAC sequencing)信息由上海烈冰生物医药科技有限公司为您提供，如您想了解更多关于单细胞ATAC测序服务（single cell ATAC sequencing)报价、型号、参数等信息，欢迎来电或留言咨询。

注：该产品未在中华人民共和国食品药品监督管理部门申请医疗器械注册和备案，不可用于临床诊断或治疗等相关用途