TMT（30级）标记定量蛋白质组学

技术介绍：

TMT™（Tandem Mass Tag™）技术是由Thermo Scientific公司研发的一种多肽标记技术。 通过特异性标记多肽的特定氨基基团，进行串联质谱分析，TMTpro™ 16plex 同位素标记试剂组可同时比较16个不同样品中蛋白质的相对含量，通过搭桥和批次效应处理可实现上百例样本间的蛋白质相对含量比较。TMT标记肽段通常采用DDA (Data-Dependent Acquisition) 模式采集、可进行深度分级从而提高鉴定深度。

技术优势：

1.    西湖欧米采用TMTpro™ 16plex 同位素标记试剂组，通过设计上的优化和批次效应处理，可实现500例以内样本的蛋白质相对含量的同时比较分析。

2.    通过进行深度分级（30 Fraction）可以使组织样本中的蛋白定量数量达到10000+、血液中的蛋白定量数达到1000+。

3.    结合PCT样本前处理技术，可以实现临床微量样本(如FFPE、穿刺活检、泪液等）的高深度蛋白质定量分析，组织样本最低送样量只需0.1mg。

合作项目案例：

项目案例1：Cell | TMT高深度分级解析新冠患者不同器官组织FFPE样本中的蛋白组特征

FFPE样本一直是十分重要的临床样本资源，但由于其样本量较少难以开展蛋白组学研究。该研究借助PCT微量样本前处理技术和TMT标记定量技术，在19名COVID-19患者和56名通过手术感染其他疾病的非COVID-19病例的7 种不同器官组织的218个FFPE样本中，量化了11394种蛋白质。

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421000040

项目案例2：Cell discovery | 血液样本高深度蛋白组学揭示新冠omicron变异株感染宿主的血液蛋白组特征

该研究借助深度分级TMT标记定量蛋白组学在79例血液样本中共定量到1464 个蛋白质，缺失值过滤后还剩1155个蛋白，并对其中751种蛋白进行了功能分析，评估了受奥密克戎变异株感染的非重症患者的血液蛋白组特征，以及新冠疫苗接种对奥密克戎变异株感染发挥保护作用的分子特征。

https://www.nature.com/articles/s41421-022-00418-x

参考文献：

1.Li, et al, TMTpro reagents: a set of isobaric labeling mass tags enables simultaneous proteome-wide measurements across 16 samples. Nature Methods. 2020. (17): 399-404.

https://www.nature.com/articles/s41592-020-0781-4

2.Shen, et al. Proteomic and Metabolomic Characterization of COVID-19 Patient Sera. Cell. 2020. 182(1): 59-72.

https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)30627-9

3.Nie, et al. Multi-organ Proteomic Landscape of COVID-19 Autopsies. Cell. 2021 Feb.184(3): 775-791.

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867421000040

4.Zhu, et al. Snapshot: Clinical proteomics. Cell. 2021.184(18): 4840-4840.

https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0092867421009855

5.Bi, et al. Proteomic and metabolomic profiling of urine uncovers immune responses in COVID-19. Cell Reports. 2021. 38(3)

https://www.cell.com/cell-reports/fulltext/S2211-1247(21)01783-6#

6.     Bao, et al. Proteomic characterization of Omicron SARS-CoV-2 host response. Cell Discov . 2022 May 18;8(1):46.

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