长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。华大科技推出的lncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。
技术优势
- 技术稳定,建库重复性好:同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993;
- 基于高通量测序技术,可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息;
- 不局限于对已知lncRNA的研究,还可进行novel lncRNA的预测;
- 除人和鼠外,还可应用于其他真核物种,可共同制定定制化研究方案。
研究内容
一、标准信息分析
1. 基本数据统计
1.1 去除接头序列、低质量序列得到clean data
1.2 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据
2. lncRNA鉴定
2.1 转录本组装
2.2 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA)和新转录本
2.3 预测新的lncRNA
3. lncRNA定量及差异表达分析
3.1 lncRNA定量及差异分析(需至少2个样品)
3.2 组间差异分析(需至少2组,每组至少3个样品)
3.3 lncRNA差异表达模式聚类
4. lncRNA功能预测
4.1 基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析
4.2 基因上下游的lncRNA分析
4.3 miRNA前体预测
5. lncRNA家族预测分类
二、高级信息分析
1. CNC(coding-non-coding)共表达注释(需5对以上case+control)
2. Pathway富集分析
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长链非编码RNA测序价格
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