真菌的基因组通常较大且复杂,传统的技术无法满足真菌全基因研究的大数据量需求,新一代高通量测序技术, 以其高通量,高准确率,周期快的特点,为真菌的研究提供强有力的支撑,可用于预测真菌的重要基因和蛋白以了解其功能和可能机制;在研究植物致病性真菌方面,可以鉴定致病真菌与农作物互作及致病的相关基因,并可用于研究与其近缘物种的进化关系,比较基因组研究等;在食用真菌和药用真菌的研究方面,可以用于发现真菌复杂的代谢途径,鉴定其对人有益的代谢产物,比较基因组等;另外还可用于生物防治真菌的研究,工业酵母菌的研究等。
技术优势
高性价比:低价获得 50× coverage的全基因组数据,及其组装结果
快速精准:摆脱传统研究方法,从碱基水平获得物种真实信息
研究内容
1、数据处理
1) 去除接头污染和低质量数据;
2) 产出数据及质控统计。
2、基因组组装及概况(GC-depth 分析,k-mer 分析,NT 库比对)
3、基因组组分分析
1) 基因成分;
2) 重复序列;
3) 真菌非编码 RNA 预测。
4、基因功能分析
1) 通用功能注释(默认 KEGG, SwissProt, GO, 可选 Nr,COG)
2) 病原真菌致病性研究
病原与宿主互作数据库(PHI)注释;
碳水化合物相关酶(CAZy)数据库注释;
细胞色素 P450 数据库注释。
3) 分泌蛋白预测。
5、 信息挖掘推荐
1) 数据注释结果的初级应用
2) 不同类型真菌基因组分析推荐
6、 比较基因组
1) 结构变异(共线性)
2) 基因家族
3) 共有基因和特有基因
4) 物种进化(基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统发育树)
7、定制化信息分析
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析内容。
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