染色质免疫共沉淀测序服务(ChIP-Seq)
ChIP-Seq,即染色质免疫共沉淀-测序技术,是通过对染色质免疫共沉淀(ChIP)获得的DNA片断后进行大规模测序,从而得到目标蛋白结合的DNA序列信息,并定位到全基因组上。言行生物使用Illumina HiSeq 2500测序仪,结合ChIP-Seq技术流程,为表观遗传学与基因转录调控机制提供有力的分析手段。
技术优势
- 高通量:一个lane产生的数据几乎可以涵盖转录因子在基因组上的全部结合区域;
- 低成本:单个read的测序和分析费用仅为传统测序法的1/100;只有全基因组ChIP-chip的1/30到1/10。
- 灵活度高:任何物种任何序列都可进行实验,无需已知的基因组序列信息。
- 高可信度:比ChIP-Chip更低背景水平和高信噪比确保高可信度的实验结果;
- 信噪比高:背景比芯片结果(ChIP-chip)低,每个ChIP样本可获取数百万个有效序列标签,利用数百万次计数将真实事件与假信号区分开。
- 检测范围广:在整个基因组内定位体内结合位点,包括芯片无法检测的重复序列区域。
- 定位精确度高:在50 bp以内定位结合位点。
实验流程
ChIP-Seq实验主要过程包括:通过抗体结合特定的蛋白,富集特异***联的DNA-蛋白质复合体;然后末端修复与特异性蛋白结合的DNA,加接头;在测序芯片上进行桥式PCR扩增;对构建的文库进行大规模测序。测序结果中蛋白结合的DNA序列在基因组的位置和所测序的不同DNA的丰度可以解释为目标蛋白在不同基因组位置的结合强度,从而判断DNA链的某一特定位置出现了转录因子、组蛋白的修饰等相互作用信息。
数据分析
完成ChIP-Seq测序后,可以提供的实验结果包括:
1) 原始数据报告(Fasta-Q格式):包含所有测序序列的序列信息,碱基读取质量评估;
2) 基本数据分析报告(Excel表格):包含有效序列的序列信息,与参考基因组比对后的注释信息等;
3) 高级数据分析(应客户要求定制):如富集区域(enriched region)鉴定,分析两样本间有富集水平差异的区域并注释,预测转录因子结合区的motif,结合表达谱分析其对基因的表达调控等。
将Illumina Hiseq 2500测序得到的原始图像进行碱基读取,通常可获取数百万条序列标签,通过与基因组数据库匹配比对,并利用“peak caller”软件,确定所关注蛋白在基因组上的精确结合位点(enriched regions)。这些结合位点可通过UCSC genome browser等工具查看。
对enriched regions可进行深层次数据分析,例如:1. 对结合位点与已知基因的位置关系进行注释(转录起始位点、外显子-内含子边界、基因3’末端、启动子、增强子、绝缘子等);2. 利用“motif-finding”软件确定结合区序列motifs; 3. 可对结合位点所对应的基因进行功能分类,找到其中关键的功能类别或者信号通路;4. 结合表达谱数据,可以分析所关注蛋白与DNA结合对于基因转录的作用。
公司介绍
武汉言行生物科技有限公司提供各种蛋白质组学服务、代谢组学服务、高通量测序服务、生物芯片服务、荧光定量PCR服务、基因组编辑和整体课题外包等技术服务,成立于2008年。言行生物客户已发表《The Plant Journal》、《Proteomics》、《ES&T》、《PLoS ONE》、《BMC Genomics》等杂志。
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