简化基因组测序2b-RAD

2b-RAD技术（Wang et al, Nat. Methods, 2012）是指基于IIB型限制性核酸内切酶的简化基因组测序技术。通过对IIB型内切酶酶切基因组产生的等长tag进行高通量测序，可以大幅降低基因组的复杂度，同时不受有无参考基因组的限制，快速进行全基因组范围内大规模SNP标记的开发与分型。与传统的简化基因组技术RAD-Seq相比，2b-RAD技术获得的标记数目更多、分型准确率更高，可用于高密度遗传图谱构建、QTL定位、全基因组关联分析、群体进化研究、辅助基因组的组装、全基因组选择育种等。

欧易特色
不经过片段大小选择，技术重复度好
具有极强的灵活性，标签数目多少可控
标签长度一致，PCR时具有一致的扩增效率
根据每个客户的研究目标和内容灵活定制研究方案
共显性标记之外还可以开发显性标记
基于混合泊松分布模型的de novo SNP分型算法iML，有效去除重复序列对分型的干扰

推荐测序模式
●  Hiseq X-Ten, PE150    ●  4 M reads/1 G基因组大小

案例展示
案例一   白灵菇遗传图谱的构建和基因组组装

研究背景

白灵菇是一种可商业栽培的蘑菇品种，越来越受到中国和其他亚洲国家的欢迎。但是由于其产量低、栽培时间长和对病害敏感等问题，导致白灵菇的商业利润非常低。因此，提高白灵菇的重要农艺性状是当前育种工作所需要的。分子标记辅助育种尚未应用到白灵菇，遗传图谱和物理图谱的构建，是遗传育种和分子标记技术的基础，能够大大加速育种工作进程。

研究内容

欧易生物携手中国农业科学院农业资源与农业区划研究所，采用2b-RAD技术对来源于白灵菇杂交菌株（H6PA X H6PB）的115个单核菌株进行遗传图谱的构建；然后对1株单核菌株进行de novo测序，将基因组scaffolds和遗传图谱相结合，辅助基因组scaffolds的拼接。最后，本研究对交配型位点A和B进行了鉴定。

研究结果
1.平均每个样本获得1.1M高质量reads，平均测序深度49X，共获得1770个SNP标记，其中1711个SNP标记用于构建遗传图谱。遗传图谱共包括12个连锁群，1182个标记，图谱总长度为1073 cM，标记平均间隔1.0 cM。
2.白灵菇单核菌株489P1进行de novo测序（Hiseq2500, PE125），共获得500个scaffolds（≥500bp），组装基因组大小为40.83Mb，GC含量50.22%，与杏鲍菇基因组共线性高。
3.遗传图谱上的1151个SNP标记（97.4%）可以定位到78个scaffolds，覆盖整个白灵菇基因组的83.1%（33.9Mb），绝大多数SNP与物理图谱的共线性良好。
4.交配型位点A和B分别位于不同的连锁群，并在白灵菇基因组上被鉴定到。交配型B位点的5个可能的信息素受体和2个可能的信息素前体也被检测到。
5.这是白灵菇第一个遗传图谱与基因组de novo测序整合的研究，为白灵菇的分子育种工作提供了基础。

参考文献
Gao W, Qu J, Zhang J, et al. A genetic linkage map of Pleurotus tuoliensis integrated with physical mapping of the de novo sequenced genome and the mating type loci. BMC Genomics 2018; 19(1): 18-31. (IF: 3.729)

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