RSAM-07 长非编码RNA研究:lncRNA预测
lncRNA是一类转录本长度超过200个核苷酸的RNA分子的总称。lncRNA的表达水平相对于编码蛋白的基因一般比较低,说明lncRNA可能主要起调控作用。在基因组上,一般lncRNA附近会有编码蛋白基因,即使是intergenic(基因间)lncRNA,也大概有一半左右位于编码蛋白基因10kb范围内。根据lncRNA在基因组上的位置,一个lncRNA可以归于以下五类中的一种或五种:(1)sense(2) antisense(3)bidirectional(4)intronic(5)intergenic。
本方案将针对RNA-Seq测序数据进行深度挖掘,识别符合功能意义的lncRNA转录序列。基于RNA-Seq数据,我们首先预测非编码蛋白的lncRNA; 其次,计算lncRNA表达量及其分组内的差异表达。
图例 lncRNA预测与序列结构定义
图例 lncRNA表达量计算与差异表达分析
更多详情: http://www.biogenius.cn/htm/products/transcriptome/lncRNAseq/analysis/33.html
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