细菌denovo测序
细菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。根据物种本身的特点和测序深度的不同,最终的组装结果会存在一定的差异。对于细菌样品,最高可组装成一条完整的序列。根据组装结果,可预测细菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。在病原菌的致病性、疾病的预防和治疗等方面有广泛的应用。
根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,细菌基因组测序提供以下两种产品类型:细菌框架图、细菌完成图。
技术路线:
技术参数:
生物信息分析内容
1.数据质控
2.Denovo组装
3.基因组组分分析(基因岛、重复序列、非编码RNA、基因预测、CRISPR、前噬菌体)
4.基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5.致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、VFDB、ARDB、CAZy)
6.比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)
真菌denovo测序
真菌基因组测序主要针对无参考序列的物种进行测序,样品基因组测序后从头开始组装。对于真菌样品,由于基因组较大且比较复杂,推荐先对真菌样品进行初级组装,再根据初级组装的结果进行高级组装,以提高组装质量。根据组装结果,可预测真菌基因组中包含的基因,通过功能数据库比对可得到基因的功能注释信息。真菌基因组测序在研究植物致病性真菌、生物防治真菌等方面有重要的应用。
根据不同的研究目的与需求,以及不同的组装程度需求,真菌基因组测序提供以下两种产品类型:真菌框架图、真菌精细图。
技术路线:
技术参数:
生物信息分析内容:
1、数据质控
2、Denovo组装
3、基因组组分分析(基因预测、重复序列、非编码RNA)
4、基因功能注释(COG、KEGG、NR、GO、Swiss-prot)
5、致病性分析(分泌蛋白预测、PHI、细胞色素P450、CAZy)
6、比较基因组分析(共线性分析、Core-pan分析、进化分析)
微生物基因组denovo测序价格
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