宏基因组测序是对特定环境样品中的微生物群体基因组（尤其是那些种类众多的难于培养的微生物），进行序列测定和功能基因的发掘，来分微生物群体基因组成及功能，解读微生物群体的多样性与丰度，发觉和研究新的、具有特定功能的基因。目前宏基因组学研究在发现新基因 ，开发新的微生物活性物质，研究微生物群落结构及功能方面得到广泛的应用，宏基因组测序技术为微生物的研究和发展提供了很好的策略。
一、实验流程


1. 样品提取总DNA。
2. 基因组片段化、加测序接头。
3. 琼脂糖凝胶电泳回收合适大小的片段。
4. 完成测序文库的制备，用Illumina Hiseq2500进行测序。
 
二、数据分析
 1、测序质量评估
 2、宿主基因组比对与覆盖度read统计
 3、De novo基因组组装拼接
 4、De novo组装拼接性能评估
 5、Unigene预测
 6 、Unigene功能注释
 7、微生物种群鉴别分析
 8、微生物种群进化分析
 9、微生物种群差异分析
10、 微生物种群结构分析