Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing(MeDIP-Seq)通过使用5’-甲基胞嘧啶抗体富集高甲基化的DNA片段,将基因组中的DNA甲基化区域富集后进行高通量测序。以较小的数据量,快速、高效地寻找基因组上的甲基化区域,从而比较不同细胞、组织、样本间的DNA甲基化修饰模式的差异,可广泛用于大样本量的疾病研究和分子育种研究。
MeDIP-Seq原理图
产品优势
检测范围广:覆盖整个基因组范围的甲基化区域;
高性价比:基于抗体富集的测序方法,提高数据利用率;
精确度:非单碱基甲基化分辨率,只能定位甲基化富集区域;
偏好性:抗体富集偏向高甲基化CpG区域。
研究内容
一、标准信息分析
1.数据产出统计:对测序结果进行图像识别、去污染、去接头,统计结果包括read长度、read数据、数据产量;
2. MeDIP测序序列与参考基因组序列的比对;
3. MeDIP测序数据的全基因组分布趋势;
4.统计MeDIP测序数据富集区域( Peak )的信息;
5.基于peak的全基因组甲基化差异分析。
二、高级信息分析
1. MeDIP与小RNA的联合分析;
2. MeDIP与mRNA表达数据的联合分析;
3. MeDIP、小RNA和mRNA表达数据的联合分析。
三、定制化信息分析
可结合客户的需求,协商确定定制化信息分析服务内容。
技术参数
一、样本要求
总量:≥ 3 μg DNA(常规样本),≥ 5 μg DNA(FFPE或降解DNA样本);
纯度:OD260/280 = 1.8-2.0;
样品完整性:DNA无明显降解与蛋白污染,需提供凝胶电泳检测胶图;
适用物种:人和小鼠
二、测序策略: 50 PE。
三、推荐数据量:3G或5G clean data。
四、项目执行周期
单个样品标准流程(上图)的运转周期约为45个工作日。遇样品数较多时,项目周期根据项目规模而定。
五、合格指标
产生不低于合同规定的clean data。