鉴于miRNA在结构上的显著特点，对于miRNA的预测将分为两个部分，分别为同源搜索的方法以及比较基因组与RNA二级结构结合分析的方法。同源搜索的方法主要以miRbase中发布的前体miRNA序列进行搜索。我们采用的算法考虑：1.miRNA在结构上需要形成一个70～100nt的前体；2.在相似的物种中，miRNA是很保守的,并在在相距较远的物种间，允许miRNA存在分歧，分析内容包括以下3个步骤：1.寻找基因间的保守的序列；2.通过mfold辨认此序列是否能形成保守的茎环结构并打分；3.评价miRNA在不同物种中的分歧模式。

NSAM-04：基因组注释-非编码RNA分析价格

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