CLIP-seq (crosslinking-immunprecipitationandhigh-throughput sequencing)即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,可以高通量研究RNA结合蛋白在体内与众多RNA靶标的结合模式，并揭示其在一些重要生物学过程中的功能,是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。

CLIP-Seq原理

主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生耦联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，再经生物信息学的分析和处理、总结，挖掘出其特定规律，从而深入揭示RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用及其对生命的意义。依据处理环节的稍微差别，CLIP-Seq目前有不同变体形式，例如 PAR-CLIP和HIT-CLIP。

基础分析服务

1. 原始数据处理

过滤掉低质量的reads，去除barcode 和adapter序列，去除PCR duplication reads，得到clean reads。

2. 基因组和转录组比对

将clean reads 比对到基因组，将不能比到基因组的reads比到转录组，筛选出唯一比上的reads

3. 显著结合峰的识别与鉴定

将重叠的reads 聚类，鉴定识别结合峰，将一定范围内的结合峰聚成簇(cluster)
 

4. 结合峰特征分析

统计结合峰的在基因组的各区域的分布、长度分布、间距分布、结合位点的区域富集特征等。
 

5. 所结合的靶基因功能聚类

对有显著结合峰的基因进行功能聚类，分析此RNA结合蛋白所调控的生物学通路。

6. 最小结合基序分析

分析结合序列的共有基序(motif)，分析结合序列的碱基类型分布
 

7. 靶基因直系同源基因分析

分析具有跨物种直系同源性质共同属于CLIP cluster靶基因的基因及其分布测序特征和趋势； 分析不同CLIP-Seq cluster 共同靶向位点临近性（空间距离临近的cluster)
 

8. 结合靶标的数据可视化展示

9. 反义转录结合位点(antisense binding sites)分析

个性化分析服务

深度解析CLIP-Seq数据，全基因组范围内鉴定RNA结合蛋白在不同RNA上的结合位点，展示RNA结合目标分布、结合基因、结合位点、结合基序和机制，进而发现新的机制和功能。可将CLIP-Seq与RNA-Seq等数据整合分析，研究RNA与蛋白结合后的转录后加工的调控机制。

1 CLIP-Seq 靶向区域特征高级分析

基因区域内splicing区域，intron区域等特征，分析靶基因可变剪切，内含子保留是否收到RNA结合蛋白的调控；同时，物种保守型特征（conservation) 加以分析。
 

2 CLIP-Seq 靶向区域特征高级分析

分析关注lncRNA基因区域的 CLIP-Seq cluster特征分布
 

3 内含子CLIP-seq结合位点特点分析

内含子位置效应和CLIP Seq cluster 关联性；motif 特征与intron的位置效应
 

4 RNA-Seq 表达谱关联分析（敲除实验功能验证后期的分析）

4.1. 差异表达RNA分析
 

4.2 分析差异表达基因与CLIP-Seq cluster之间相关性

4.3 Scatter Plot (RNA结合蛋白敲出后RNA水平差异数目分布)

4.4 差异可变剪切分析
 

4.5 RBPs蛋白相互作用于疾病调控网络
 

4.6 RBP结合蛋白与Motif独立进行系统发生树分析