技术简介

染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是研究体内蛋白质与 DNA 相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。将 ChIP 与新一代测序技术相结合的 ChIP-Seq 技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的 DNA 区段。

技术原理

技术应用

用于在全基因组范围中研究 DNA 结合蛋白（相互反应）、组蛋白修饰（表观遗传标记）和核小体的技术，可有助于了解基因之间的相互调控以及染色体的功能结构。常用于 1. 查找或验证 TF(转录因子）与靶基因间的相互关系；2. 验证 lncRNA 募集的转录因子与靶基因之间相互关系；3：组蛋白修饰的整体情况。

伯豪优势

1. 建库质量高，失败率极低，每年五万例左右各种类型样本文库构建经验。

2. 质控过程全程可溯，实时跟踪，反馈及时，确保数据真实可靠。

3. 基础分析丰富，展示形式可个性化定制。

4. 高级分析服务：专业的生物信息分析团队，熟悉各种分析算法和软件；根据客户的需求，提供多种个性化的实现方案。

样本要求

样品需求（ChIP 富集的 DNA）

样品纯度：OD 260/280 值应在 1.8～2.0 之间。

样品浓度：最低浓度不低于 20ng/ul。

样品总量：每个样品总量不少于 30ng。

DNA 片段大小：长度分布小于 500bp，峰在 300bp 左右。

样品溶剂：溶解在 H20 或 low TE（pH8.0）中。

样品运输：低温运输（-20℃）；建议用 LoBind 管，parafilm 将管口密封好，以免污染。

数据分析

案例展示

案例一：北大肿瘤医院发现 C8orf76 基因通过直接上调 lncRNA DUSP51P 促进胃癌发生和转移

研究背景

胃癌排全球癌症死亡率第三位，大约一半的胃癌患者的 DNA 会表现出染色体不稳定性，包括基因拷贝数的增加和减少。

早前已证明染色体的拷贝数扩增经常发生在染色体区域 8q22,8q24 和 20q11-q13，并且与胃癌患者短暂的生存期显著相关。与邻近的非肿瘤粘膜组织相比，C8orf76（即 8 染色体的第 76 个开放阅读框）是一种核蛋白编码基因，在原发性胃癌中优先扩增。

C8orf76 基因位于染色体 8q24.13 上。已有相关文献报道 C8orf76 过表达与肾癌，子宫内膜癌和乳腺癌的不良预后相关，因此在本研究中，作者评估了 C8orf76 在胃癌中的拷贝数扩增和过表达状态，并描述了 C8orf76 在胃癌发生中的功能机制和临床影响。

研究思路

研究结果

客户通过前期高通量筛选发现 C8orf76 在胃癌（GC）中拷贝数增加，并且在两个独立的 GC 病人队列中验证发现 C8orf76 的表达上调。接着通过一系列细胞、动物实验证明 C8orf76 在 GC 中扮演促进细胞增殖、迁移 / 入侵、肿瘤发生 / 转移的重要作用。通过对 shC8orf76 细胞和对照细胞进行 RNA-seq 分析发现在 MAPK 信号通路、细胞循环，p53，wnt，TGF, 凋亡和 ErbB 的异常调节，说明 C8orf76 通过激活 MAPK 信号通络而促进肿瘤的发生。通过预测发现 C8orf76 是核内的潜在转录因子，经 ChIP-seq（由伯豪生物提供）分析发现 C8orf76 会直接调控 lncRNA DUSP51P，最后发现 siRNA DUSP5PA 后，会明显抑制癌症进程。

因此全文通过完整的实验设计证实了 C8orf76 直接与致癌的 lncRNA DUSP5P1 结合以诱导其表达并激活 MAPK 信号传导，从而促进癌症发生，同时还发现 C8orf76 可作为 GC 患者的预后因子。