技术介绍

16S rDNA 扩增子测序：16S rDNA 为原核生物中编码核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列，具有 9 个高变区域（V1-V9）和 10 个保守区域，其中保守区反映细菌种属间亲缘关系，高变区反映了物种间的特异性，选择通用引物进行 PCR 扩增，进而通过新一代测序技术对 16S rDNA 的单个或多个高变区进行测序，来分析环境或者临床样本中古菌或细菌的群落结构多样性。18S rDNA 扩增子测序：18S rDNA 真核生物中编码核糖体小亚基 rRNA 的 DNA 序列，具有可变区（V1-V9，没有 V6 区）和保守区。保守区反映生物物种间的亲缘关系，高变区反映物种间的差异。选择通用引物进行 PCR 扩增，进而通过新一代测序技术对 18S rDNA 的高变区（一般选择 V4 区）进行测序，来分析环境或者临床样本中真核生物群落结构多样性。ITS 扩增子测序：ITS 分为两个区域：ITS1/ITS2，其中 ITS1 位于真核生物核糖体 rDNA 序列 18S 和 5.8S 之间，ITS2 位于真核生物核糖体 rDNA 序列 5.8S 和 28S 之间。通过新一代测序技术对 ITS1 或者 ITS2 进行测序，进一步做环境微生物中真菌多样性分析。

伯豪优势

先进的测序平台：Illumina PE250/300 高通量测序平台可供选择，根据检测目的提供不同的解决方案；

项目经验丰富：可提供肠道、水体、土壤、组织液等多种样本类型的微生物多样性与环境、农林及医疗等多领域的分析服务；

专业全面的服务：经验丰富的技术团队可提供专业的方案设计、检测报告解读、文章写作建议等；

个性化服务：针对 VIP 客户的个性化分析需求，提供专业全面的检测服务。提供专业的实验指导和定制高级分析。

方案策略

样本要求

环境及临床样本（干冰或冰袋运送）

土壤≥ 3 g（污染土壤样本要适当增加送样量）；粪便≥ 2 g；

水体样本：滤膜（0.22 μm 滤膜）≥ 2 个；拭子样本≥ 2 个；

DNA/PCR 产物（干冰或冰袋运送）

DNA：浓度≥ 20 ng/μL；总量≥ 400 ng；DNA 要有明显主带，无降解；OD260/280= 1.8-2.0

PCR 产物：浓度≥ 20 ng/μL，总量≥ 400 ng，片段大小 <450 bp，条带单一，无降解，无引物二聚体

实验流程

数据分析

部分结果展示

案例解析

案例一：乙酸盐有利于好氧颗粒污泥对发酵液中***的富集

微生物的厌氧消化（Anaerobic digestion，AD) 是一种有效的，而且被广泛运用在能源和资源恢复中的生物技术。厌氧消化产生的污水以及发酵产生的发酵液中含有许多的对环境有害的有机质物质，比如易挥发的脂肪酸和矿物质元素（氮和***），由于这些有机质物质不能被很好的处理，进而对我们的环境造成了严重的污染。本研究通过使用两个相同批次的反应器 Ra 和 Rp，分别使用乙酸和丙酸作为额外添加碳源，来培养好氧颗粒进而去除发酵液中的***。同时，作者通过二代测序的方法对两个反应器中的微生物多样性进行检测。结果显示，Ra 反应器中的好氧颗粒具有较高的***去除能力。微生物多样性检测结果发现，Ra 反应器中拟杆菌（34%) 和 beta 变形菌门的含量较多，推测拟杆菌（34%) 和 beta 变形菌门可能是造成高效去除***能力的主要原因。

原文出处：Cai W, Huang W, Li H, et al. Acetate favors more phosphorus accumulation into aerobic granular sludge than propionate during the treatment of synthetic fermentation liquor. Bioresource technology, 2016, 214: 596-603. IF= 4.494.

案例二：肠芽囊原虫可以增加人类肠道细菌微生物的多样性

本文通过二代测序平台 Ion Torrent 对 48 个肠道定植有牙囊原虫的病人的粪便样本以及 48 个正常人的粪便样本进行 16S rDNA 的 V3-V5 区进行测序，结果表明定植有牙囊原虫的病人的肠道细菌多样性比健康人的丰富，其中梭状芽胞杆菌比较丰富，而肠杆菌相对要少。这个结果表明，肠道中定植有牙囊原虫可以营造一个健康的肠道微生物多样性，而不会造成肠道微生物多样性的失衡。