技术服务详细描述
技术简介
核糖体印迹测序又称Ribosome profiling，或Ribo-seq，是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA，分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA（大约30nt），进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息，使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况，并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程，在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。
云序生物对mRNA翻译进行研究的技术是利用Ribo-seq测序技术，其原理为：利用翻译抑制剂处理细胞或组织，首先经过核酸酶消化游离mRNA，然后富集核糖体-mRNA复合物，得到RPFs。去除rRNA并用PAGE胶纯化后，得到目的RNA片段。建库测序及数据分析，从而得到相应样品的蛋白翻译水平。
云序优势
一站式服务：
客户只需提供细胞、组织或RNA，云序生物为您完成从样本富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。
优化的实验流程：
RPFs的富集效率是决定数据质量的关键，云序生物Ribo-seq实验采用精心优化的实验流程，具有极高的效率和特异性。
严格的质控：
云序生物对Ribo-seq实验的各个关键步骤进行严格的质控，全程***实验质量，确保客户得到优质的数据。
专业的生物信息学分析： 云序生物具有强大的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求。
样本要求
样品类型：
动物组织，植物组织，细胞，菌类以及客户分离的 RPF（核糖体复合物），其它类型样品请详询。
样品量：
a)细胞：1×107，细胞活性 90%以上
b)动物组织：≥300mg
c)植物组织：≥300mg
d）RPF ：≥200ng/ul，10ul 以上
其它类型样品用量请详询。
样品的运输与保存：在简单处理并标记后，-80℃冰箱保存，以避免实验操作前样品降解的可能性。 干冰运输。
数据分析
1. Ribo-seq表达量分析
通过高通量测序及生信分析，获得Ribo-seq表达量密度分布图。2. Ribo-seq样品间相关性分析
样品间基因表达水平相关性是检验实验可靠性和样本选择是合理的重要指标。相关系数越接近1，表明样品之间表达模式的相似度越高。3.uORF序列分析
分别对untranslated uORF和Translated uORF进行motif分析；分析其序列偏好性，可以用于基因翻译调控元件的分析。4. P-site分析
分别对untranslated uORF和Translated uORF进行motif分析；分析其序列偏好性，可以用于基因翻译调控元件的分析。
案例分析
案例1：特异性tRNAs的表达调控驱动基因表达和癌症进展
原文：Modulated Expression of Specific tRNAs Drives Gene Expression and Cancer Progression
期刊： Cell (2016) 影响因子：36.216
作者通过在5种细胞系中进行tRNA测序研究和Ribo-seq研究发现，在人类乳腺癌中特异性tRNAs：tRNAGluUUC 和tRNAArgCCG表达上调，可使癌细胞获得转移能力。研究者通过Ribo-seq检测这些特殊tRNAs增多后转录本上的核糖体结合情况，结果显示富集这些tRNA同源密码子的转录本更加稳定，核糖体结合更多。特别是tRNAGluUUC通过直接增强EXOSC2表达与增强GRIPAP1来构成一条受tRNA驱使的“可诱导”通路，从而促进癌症转移。 因此，该研究说明tRNA是基因表达的动态调节因子，RNA调节是细胞实现特定转录物和蛋白质表达改变的一种机制。tRNAs的表达调控基因表达和癌症进程
案例2：人心脏的翻译组学研究
原文： The Translational Landscape of the Human Heart
发表期刊： Cell (2019) 影响因子：36.216
基因在人体组织中的表达的研究主要集中在转录水平上，而翻译调控常被忽视。本研究对65例扩张性心肌病（DCM）患者左心室心肌组织和15例正常对照组的左心室心肌组织进行mRNA测序（mRNA-seq）和核糖体印迹测序（Ribo-seq），分析了DCM与健康对照组中RNA分子翻译效率的总体情况，结合先前研究的心脏组织蛋白质组学的数据，系统分析了左心室心肌组织中被翻译的ORF以及对应的蛋白或多肽的总体信息。分析后发现在1090个uORF、 22335个传统的ORF还包括了来自于169个lncRNA 的339个sORF。本文通过分析Ribo-seq数据鉴定出了169个lncRNA和40种环状RNA (circRNAs)编码的新的微蛋白，这表明这些微蛋白在人体中的生物学功能尚未被发现。而本研究中的这一发现可能为研究其他人类组织翻译组学提供依据。
心脏翻译组学研究概览
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