技术服务详细描述

技术简介
用体外转录法标记生物素RNA探针，然后与胞浆蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白质复合物。该复合物可与链霉亲和素标记的磁珠结合，从而与孵育液中的其他成分分离。复合物洗脱后，通过Western Blot检测特定的RNA结合蛋白是否与RNA相互作用，质谱实验检测特定的RNA结合蛋白鉴定蛋白质类型。

 云序RNA pull down实验流程

云序优势
低丰度富集：
富集检测低丰度目的蛋白-RNA复合物
具有成熟蛋白质组学平台：
提供RNApull-down 产物WesternBlot及质谱鉴定。
专业的生信信息分析：
提供SCI发表级别的图表。
样本要求
样品类型:
细胞、组织或IP后的RNA，其它样品信息请详询
样品量:
a）细胞：5×10⁸
b）组织：500 mg
c）IP后的RNA >1 μg
样品运输与保存:
样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输。
样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。
案例解析
案例 1. RNA pull down检测lncRNA与蛋白质相互作用 
近年来，大量的研究表明长链非编码RNA（LncRNA）与多种癌症的发生息息相关，这篇文章中作者研究了在非小细胞肺癌（NSCLCs）中起重要调控作用的lncRNA-linc00630。作者通过RNA pull down等实验发现，linc00630主要通过结合组蛋白去乙酰化酶I（HDAC1）以及DEAD-box解旋酶23（DDX23）来发挥其功能机制。

图1. 长链非编码RNA-Linc00630表达验证及功能表征

案例2. RNA pull down检测circRNA与蛋白质相互作用
环状RNA是近年来受到广泛关注一类非编码RNA，目前主要认为环状RNA通过miRNA海绵机制调控基因表达，但是对于其更全面的分子功能知之甚少。这篇文章中作者发现在不同癌细胞中circ-Foxo3持续少量表达，而在癌细胞凋亡的过程中，circ-Foxo3表达量显著性增加。circ-Foxo3可以促进MDM2介导p53进入泛素化途径降解，使p53含量下降，同时circ-Foxo3又可以通过阻止MDM2介导Foxo3泛素化而提高Foxo3的表达量。

图2. circ-Foxo3癌细胞中表达情况