技术特点
独特的位点设计:采用 HAPMAP 数据库中已经公布的 TagSNP 设计,具有无可比拟的覆盖优势
芯片形式灵活多样:可同时检测 4、8 或 12 个样本,还可以增加定制位点
高通量密度:可检测高达 500 万的 SNP 位点
较高的成功率和准确性:
等位基因特异性延伸保证高质量的实验结果
定制灵活:任意物种、任意位点随意组合,除 SNP 外,还可以针对拷贝数变异(CNV)进行设计
SNP检测
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)是指基因组上单个核苷酸的变异,人类基因组平均每1000个就有一个SNP。它是由基因组DNA某一特定核苷酸位置上单个碱基的转换、颠换、插入或缺失引起的点突变,使得群体之间和个体之间产生了差异。其中转换和颠换发生频率较高,转换是指同型碱基之间的转换,即嘌呤与嘌呤、嘧***与嘧***间;颠换是指发生在嘌呤与嘧***之间的替换。事实上转换的发生频率占多数,且CG序列上出现的SNP最为频繁,而且多是C转换为T,原因是CG中的C常因为甲基化自发地脱氨基后即成为T。
技术应用
SNP作为第三代遗传标记,在复杂疾病的基因定位、关联分析、个体疾病易感性分析与药物基因组学的研究中发辉了重要的作用。除医学研究外,SNP已逐渐涉及遗传学、生态学、作物育种众多邻域。研究对象也由人类扩展到有重要经济价值和研究价值的动植物、微生物等。
SNP分型检测技术服务
SNP(single nucleotide polymophism),即单核苷酸多态,是由于单个核苷酸改变而导致的核酸序列多态。一般来说,一个SNP位点只有两种等位基因,因此又叫双等位基因。SNP在人基因组中的发生频率比较高,大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点,是继微卫星之后的第三代遗传标记。有些SNP位点还会影响基因的功能,从而导致生物性状改变甚至致病。
SNP研究包括SNP发现(discovery)、SNP验证(validation)以及SNP筛选(Screening or Scoring)。广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面,将逐渐取代微卫星而成为新一代的分子生物学标记)。和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。SNP的分布不均匀,非转录序列中要多于转录序列,绝大多数位于蛋白的非编码区。虽然SNP不及RFLP和短串联重复序列STR标记变异程度高,但由于数量巨大,分布频密,因此就整体而言,其多态性要高得多。
1. 直接测序法进行SNP分析
在所有SNP的检测方法中,对待检测片段进行直接扩增、测序是最为准确的方法,也是SNP分析的金标准。通常情况下,纯合型SNP位点的测序峰为单一峰型,而杂合型SNP位点的测序峰为套峰,因而很容易将其区分开来。通过直接测序方法进行SNP检测的检出率接近100%。
1)操作流程: - 样品基因组DNA提取
- 根据不同的区域进行引物设计、合成
- 对所有样品进行基因扩增并纯化
- 测序
- 统计与分析
2)样品要求:
血液样品:样品为EDTA抗凝或枸椽酸钠抗凝,样品量大于1ml,样品采集后于-20℃或-80℃保存;
组织样品:样品可以为新鲜组织(最好-80℃保存)、石蜡包埋组织或95%乙醇中固定的组织,组织量大于50μg 细胞、菌液等。
3)提供结果:
实验流程、电泳图、测序图谱、SNP基因型统计结果等。
2.Taqman探针法(定量PCR)
客户根据实验要求挑选出SNPs后,提交给我们进行引物与探针设计与合成。上述工作完成后,客户提供2ug的DNA样品,经确认样品质量合格我们即可进行实验。
1)技术特点:
适合位点数量少,样本通量高的检测(每个位点需要合成两条探针,探针合成费用高);
应用ABI7900、ABI7500定量PCR仪进行定量检测;
操作简便,只需一步 PCR 反应,无须进行纯化和预处理,直接上机检测;
结果清晰,软件分析结果界面友好,标出了每个样本的基因型及荧光强度,非常直观;
可采用ABI合成的探针或国产探针。
2)样品要求:同测序法。
3)提供结果:实验流程、电泳图、定量PCR结果、统计分析结果等。