步骤 | SAMRT方法 | 我们的All-Direct方法 | 我们的优势 |
RNA提取 | 使用2ug的RNA | 使用200ug以上的RNA | 较多的起始RNA,大大提高基因的覆盖度,避免基因的丢失。 |
mRNA分离 | 不做mRNA分离 | 使用高质量的试剂盒基因mRNA的分离 | 进行mRNA的分离,去除RNA内核糖体以及残留的基因组对反转录的影响,以及避免文库内掺入核糖体等不需要的基因。 |
cDNA合成 | PCR扩增的方法 | 酶促法直接合成cDNA | 混合基因的PCR扩增,由于PCR具有偏好性,短片段和高丰度的容易扩增,低丰度的和GC含量高的不易扩增,会造成低丰度的基因丢失以及长片段的基因丢失。我们使用酶促法直接合成cDNA,不会有选择偏好性,保证每一个RNA分子都直接反转录成双链cDNA分子,即一开始有多少摩尔数的RNA,就会形成等量摩尔的cDNA。 |
基因与载体的连接 | 酶切连接 | 高效率的体外同源重组酶进行重组 | SMART方法使用酶切连接或者酵母细胞内的低效率重组的方式,进行片段与载体的连接,效率低下,假阳性率高,原始文库的库容在1*10^5CFU-1*10^6CFU.我们使用高效率的体外重组方式,大大提高重组效率,文库的原始库容大于1*10^7CFU. |
酵母文库的交付 | 转化到酵母细胞的文库菌 | 文库混合质粒或者转化到酵母细胞的文库菌 | 我们的产品可以自由选择是交付文库质粒或者转化到酵母细胞的文库菌,由于酵母菌不易长期保存,一般保存超过半年,文库的质量就大大降低,建议以文库质粒的方式长期保存,保存时间可以达10年以上。 |
文库的用途 | 酵母双杂交,酵母单杂交 | 酵母双杂交,酵母单杂交,膜蛋白酵母双杂交,酵母三杂交,细菌双杂交,原核表达文库,真核表达文库,慢病毒包装文库… | SMART方法由于其技术原因,只能构建酵母双杂交和酵母单杂交文库,而我们的系统可以构建出任何用途的文库,只要有可用的载体系统即可。 |
文库的多用途 | 无 | 有 | 我们的文库产品,可以方便的将文库再通过简单的方式转移到其他任意载体上形成其他用途的文库,而不需要重新构建文库,大大提高文库的使用范围和降低文库构建的成本。 |
文库的使用次数 | 30-80次 | 至少500次以上 | SMART方法交付的是转化到酵母细胞的文库,且总量一般就50-100ml,只够做几十次的筛选,且用完就没有了,不可以复制。我们交付的产品,包括了高库容的大肠杆菌菌液和文库质粒,如果全部使用完,至少可以够做500次以上的筛选,且可以简单复制,理论上是不可能用完的,大大提高经济性。 |
文库产品指标 | 平均插入片段:600-800bp; 库容量:1-5*10^5CFU; 空载率小于10% | 平均插入片段大于1200bp; 库容量大于1*10^7CFU; 空载率小于5% | 我们的方法在原始库容和平均插入片段上都比takara的SMART的方法高很多 |