CUT&Tag-Seq
1.项目简介
染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)作为研究胞内蛋白与基因组DNA相互作用的常规手段,但对于某些蛋白,却受限于细胞总量、交联作用和超声效率,导致信号低,噪音高,重复性差等结果,严重拖慢课题进度,浪费大量时间与经费。CUT&Tag作为新一代革新技术,得益于其原理和实验流程,很大程度上改善了ChIP-seq的缺点。
2.技术路线3.技术优势
(1)稳定性和可重复性:CUT&Tag并不需要对细胞进行交联反应和超声处理,大大提高了实验的稳定性和可重复性。
(2)减少建库步骤:CUT&Tag使用的ChiTag酶是由ProteinA/G和转座酶Tn5组成的新一代融合蛋白,携带有测序用接头的ChiTag酶进入细胞内,可直接进行PCR建库并结合新一代高通量测序技术,利用生物信息学对其序列进行鉴定分析,以确定目的蛋白在基因组上的结合位点。
(3)节省时间:配合细胞筛选磁珠,整个CUT&Tag反应可在一个1.5ml EP管内完成,可在一天内完成从细胞处理到建库所有步骤,大大节省实验时间。
(4)节约样品:需要的细胞数量少至60个细胞4.实验周期
项目周期通常在20个工作日左右。
若有特殊的分析要求需根据具体情况而定,通常个性化服务的分析控制在10个工作日左右。
5.信息分析
a)CUT&Tag-Seq 序列与参考序列比对;
b)Peak calling :统计样品 Peak 信息(峰检测及计数、平均峰长度、峰长中位数);
c)统计样品 Uniquely mapped reads 在基因上、基因间区的分布情况及覆盖深度;
d) 给出每个样品 Peak 关联基因列表及 GO 功能注释;
e)对序列进行Motif分析;
f)在多个样品间,对Peak进行差异分析;
g)在多个样品间,对与 Peak 关联基因做差异分析;
6.送样要求
细胞数量:6X105个
由于CUT&Tag过程需要在新鲜细胞内进行,本公司提供相应的细胞培养服务,客户可选择在本公司对细胞培养,或委托我们对细胞进行培养后,我们提供全套CUT&Tag-Seq服务。
CUT&Tag-Seq价格
CUT&Tag-Seq信息由新开源晶锐(广州)生物医药科技有限公司为您提供,如您想了解更多关于CUT&Tag-Seq报价、型号、参数等信息,欢迎来电或留言咨询。