一、项目简介Ribosome Profling作为Polysome profling的衍生技术,能捕获被核糖体结合的mRNA序列信息,该技术适用于研究蛋白表达的机制和效率,通过测定与核糖体结合的mRNA的丰度,对蛋白翻译的多个层面进行研究,包括特定基因的翻译效率,短ORF的翻译调控,核糖体翻译停顿等。Ribosome Profling基于核糖体结合mRNA后,核糖体对与之结合的30nt mRNA序列具有保护作用,经过一系列提取纯化后,分离得到与核糖体结合的mRNA序列,结合新一代高通量测序,和生物信息学分析,能获得全面的、高质量的蛋白质翻译速度情况,了解蛋白质表达水平及其丰度,还能直接对翻译过程进行研究。与常规的RNC-Seq相比,Ribo-seq研究的是被核糖体保护的正在进行翻译的mRNA片段,而RNC-Seq则是对与核糖体形成复合物的mRNA全长序列进行测序研究。因此,Ribo-seq能准确预测蛋白翻译的丰度,而RNC-Seq则不能。二、技术路线
三、实验周期30个工作日四、信息分析1)发现和鉴定新蛋白的编码区和新的阅读框;2)蛋白质差异表达分析;3)非编码RNA(miRNA、LncRNA、cirRNA)作用机制研究4)根据测序信息识别转录本来源,区分同源基因;5)确定正在翻译的基因,并确定翻译起始效率;6)通过翻译机制的研究,确定新的分子功能五、送样要求样品培养到合适时间点时,需要在培养基中添加(CHX, 终浓度为100μg /mL)处理,液氮速冻后保存于-80度。(根据具体实验和样品类型调整,详情请咨询)六、参考文献a. Dalley BK, Baird L, Howard MT. 2018. Studying Selenoprotein mRNA Translation Using RNA-Seq and Ribosome Profiling. Methods Mol Biol 1661: 103-123.b. Ingolia NT. 2016. Ribosome Footprint Profiling of Translation throughout the Genome. Cell 165: 22-33.c. Jiang Z, Yang J, Dai A, Wang Y, Li W, Xie Z. 2017. Ribosome profiling reveals translational regulation of mammalian cells in response to hypoxic stress. BMC Genomics 18: 638.
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