生存分析:预后与临床表型、基因表达的关联
1 分析目的关联肿瘤病人生存信息与对应临床表型、基因表达数据,发现与病人预后显著相关的基因表达或者临床表型,可用于预后模型的构建2 数据来源TCGA/GEO数据库的临床数据(预后以及表型)、基因表达谱3 分析方法整理临床数据中对应患者的预后信息,包括总生存时间(Overall survival, OS)、生存状态(OS status)。将差异mRNA(或临床表型)作为候选因子,结合其表达值与预后信息,采用Kaplan-Meier[13]生存分析方法,通过将患者按照其基因表达值的中位值分为高表达组和低表达组(或按照临床信息分组),进行K-M生存曲线绘制,同时采用Logrank检验计算显著性p.value值,初步筛选p.value<0.05的因子,得到预后显著相关的基因与临床表型。4 交付文件(1)整理得生存数据-临床表型(基因表达)的信息(Excel)(2)每个分析因子的KM生存曲线图以及对应统计显著性5分析结果示例图
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