16S/ITS极速全长扩增子测序分析

      微生物核糖体小亚基SSU rRNA可变区的测序分析方法被广泛应用于环境微生物多样的研究，16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS基因也是进行系统发育和分类研究时最常用的分子标记物。近年来，随着高通量测序技术及数据分析方法的不断进步，大量基于扩增子测序技术的研究在微生物生态学中得到了迅速的发展。但限于Illumina平台的短片段测序长度的限制，基于该平台对部分高变区的测序分析很难将物种精确鉴定到属以下的分类水平。

       罗宁生物基于Nanopore平台测序技术的超长读长优势，开发了覆盖全长核糖体小亚基16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS基因的高通量测序分析技术，解决了Illumina平台短读长的只能针对部分可变区进行分析的技术难题，在优异的成本控制基础上，实现了菌群分类的精准鉴定。与此同时，基于 Reads的原始错误矫正，可获取精确度在99%以上的全长序列。

       原核生物的16S rRNA基因全长9个高变区，可通过ONT进行全长测序（8F/1492R或27F/1492R)，完全实现精确到“种”的分类水平(95%以上可精确到种水平）。

罗宁生物极速全长扩增子测序分析服务
采用Oxford Nanopore GridION、 PromehION单分子高通量测序平台，结合 527T flops高新能计算集群，为您快速完成样本群落多样性、群落结构、功能活性与环境条件的相互关系的详细解读。
我们提供：
1、罗宁生物自主知识产权的高效率分析脚本为您提供极速测序分析周期，5-10天获取分析结果；
2、全国多地本地化分析服务，高性能GPU及527T flop计算集群保证更快分析响应；
3、采用更新的测序芯片及NEB配套试剂，全场扩增子测序成本相对其他测序方法省20-30%；
4、持续更新的数据指控流程确保单分子测序准确度大于98.3%，一致性准确度Q45-50^*1；
5、多大九类84项分析项目，为您提供高质量论文产出利器。ONT平台SCI论文发表近三年增长率平均大于45%^*2。




 

16S rRNA基因序列组成及引物选择

       真核微生物可进行18S和ITS或独立区域的全长测序进行微生物群落结构分析，即使ITS测序也可精准定位到种水平。

ITS基因结构示意图及引物选择

      微生物核糖体小亚基SSU rRNA可变区的测序分析方法被广泛应用于环境微生物多样的研究，16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS基因也是进行系统发育和分类研究时最常用的分子标记物。近年来，随着高通量测序技术及数据分析方法的不断进步，大量基于扩增子测序技术的研究在微生物生态学中得到了迅速的发展。但限于Illumina平台的短片段测序长度的限制，基于该平台对部分高变区的测序分析很难将物种精确鉴定到属以下的分类水平（含GSS项目）。

      罗宁生物基于Nanopore单分子实时测序技术的超长读长优势，开发了覆盖全长核糖体小亚基16S rRNA基因、18S rRNA基因和ITS基因的高通量测序分析技术，解决了Illumina平台短读长的只能针对部分可变区进行分析的技术难题，在优异成本控制基础上，实现了菌群分类的精准鉴定。与此同时，基于Reads的原始错误矫正，可获取精确度在99%以上的全长序列。

测序策略

生物信息分析

根据样本进行多维度分析，最多可获得84项分析结果，完美解析样本信息。



质量控制
为了保证每一份样品的真实性，我们的二代或三代产品均加入SPIKE-IN微生物标准品进行数据质控。下表展示的是我们的标准品及其相对丰度。

       为了更好的体现全长16S/18S/ITS/功能基因在微生物群落多样性分析方面的准确度，通过使用ZymoBIOMICS™ Microbial Community Standards作为标样，分别进行二代和三代测序分析，对OTU进行聚类分析。该标准样本中供含有8株细菌和2株酵母。从全长16S的聚类结果来看较为真实的反映了该样本的多样性，但是基于短读长的分析结果显示其与实际情况差异较大。

同一标准品的两种分析方法比较（使用ONT平台可更精确还原样本真实信息。）