长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。推出的lncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。
技术优势
- 技术稳定,建库重复性好:同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993;
- 基于高通量测序技术,可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息;
- 不局限于对已知lncRNA的研究,还可进行novel lncRNA的预测;
- 除人和鼠外,还可应用于其他真核物种,可共同制定定制化研究方案。
研究内容
1. 标准信息分析
1)去除接头污染、低质量序列得到clean data,去除核糖体RNA数据,数据产出统计及测序数据质量评估;
2)转录本组装;
3)鉴定已知lncRNA(客户可提供数据库,若没有要求,人和小鼠默认NONCODE数据库);
4)鉴定蛋白编码序列(客户需提供蛋白数据库链接,默认比对COG、KEGG、Nr、SWISS-PROT蛋白数据库);
5)预测新的lncRNA(不保证lncRNA预测结果,预测方法可按照客户要求进行调整,需个性化评估收费);
6)lncRNA家族预测分类(6-7条分析针对所有lncRNA,如不进行novel lncRNA预测则仅针对已知lncRNA);
7)lncRNA定量及差异分析(差异分析需2个或2个样品以上)。
2. 定制化信息分析(需要mRNA表达量数据,并且需要根据样本数量等进行评估)
1)CNC(coding-non-coding)共表达注释;
2)Pathway富集分析;
3)结合客户的需求,协商定制其它定制化信息分析内容。
技术参数
一、样品要求
表1 样品质量判定标准
样品类型
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检测方法
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检测结果
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判定结论
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Agilent/AGE
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NanoDropTM
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人、鼠Total RNA
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Agilent
2100
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m≥10 μg
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c≥200 ng/μL
RIN≥7.0
28S/18S≥1.0
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图谱基线无上抬,
5S峰正常
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N/A
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Level A
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5 μg≤m≤10 μg
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Level B
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说明:
Level A:A类样品,指的是质量满足建库测序要求,且总量可以满足2次或者2次以上建库需要的样品。
Level B:B类样品,指的是质量满足建库测序要求,且总量可以满足1次但不足2次建库需要的样品。
二、项目运转周期
标准流程的运转周期约为50个工作日(20对样本以上需额外增加时间)。
三、项目合格指标
产生不低于合同规定的clean data。
长链非编码RNA测序价格
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