1. 产品简介
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是一类转录本长度超过200nt、不编码蛋白的RNA。lncRNA能在表观遗传、转录及转录后水平上调控基因表达,参与X染色体沉默、基因组印记以及染色质修饰、转录激活、转录干扰、核内运输等多种重要的调控过程。
lncRNA测序可选择采用去除rRNA或DSN真核生物全转录组建库的方法进行文库构建,利用高通量测序技术,一次性获得单碱基分辨率的lncRNA序列信息,依托强大的生物信息分析平台,鉴定已知lncRNA,并预测新的lncRNA及其靶标。
2. 生物信息分析内容
2.1 标准信息分析
1) 测序数据过滤和质量评估(过滤过程中去除核糖体rRNA和tRNA序列)
2) 比对参考序列;(比对统计、测序随机性评估、比对上序列在染色体的分布、比对上序列在基因区域的分布、比对结果可视化)
3) 鉴定mRNA编码序列;
a) mRNA的表达量估计(表达量分布,样品聚类);
b) 差异表达分析(有分组);
c) 差异基因GO,KEGG功能注释;
4) 鉴定已知的lincRNA(估计表达量丰度);
5) 序列拼接组装;
6) 预测新的lincRNA;
7) lincRNA分布统计(外显子个数分布统计,lincRNA长度分布统计);
8) lincRNA表达水平分析;
a) lincRNA表达量估计(表达量分布,样品实验聚类);
b) 差异表达分析(有分组)。
9) lincRNA位点保守性分析;
10) lincRNA靶基因预测:
a) 预测Cis作用靶基因;
b) 预测Trans作用靶基因*(多样本数据,样本数>2);
c) 差异LincRNA与靶基因调控网络分析*(多样本数据,样本数>2);
d) 根据靶基因进行GO和KEGG的功能分析。
2.2 定制化分析
可结合客户需求,指定定制化分析内容
3. 样品要求
3.1 去除rRNA方法建库测序样品要求
1) 样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA;
2) 样品需求量:人、大鼠、小鼠样品Total RNA≥2 μg,真核植物样本(根、茎叶、花种子)样品Total RNA≥ 5 μg;
3) 样品浓度:≥200 ng/μl;
4) 样品纯度:OD260/280=1.8~2.2,OD260/230=1.8~2.2,动物样本RIN≥7.0,植物样本RIN≥6.5,28S:18S≥1.0。
3.2 DSN全转录组方法建库测序样品要求
1) 样品类型:去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA;
2) 样品需求量:2 μg;
3) 样品浓度:≥100 ng/μl;
4) 样品纯度:OD260/280=1.8~2.2,OD260/230=1.8~2.2,RIN≥7.0,28S:18S≥1.0(昆虫样本无此指标)。
lncRNA测序价格
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