人全外显子测序是指利用序列捕获或者靶向技术将全基因组外显子区域DNA富集后再进行高通量测序的基因组分析方法。人全外显子测序主要用于识别和研究与疾病、种群进化相关的编码区及UTR区域内的结构变异。结合大量的公共数据库提供的外显子数据,有利于更好地解释所得变异结构之间的关联和致病机理。
技术优势
服务流程
应用方向
分析流程
标准分析流程
分析内容
技术指标
样本种类 |
单个样本量 |
注意事项 |
DNA |
>2 ug |
浓度:> 50ng/µL;
纯度:OD260/280=1.8~2.0 |
全血 |
>2 mL |
血清和血浆不能提取gDNA |
组织样 |
手术取样 |
>1 g |
-80℃保存,干冰送达。 |
穿刺取样 |
1针以上 |
石蜡切片(FFPE) |
肿瘤切片 |
10张以上 |
要求编号清楚 切片含有细胞 |
肿瘤穿刺 |
20张以上 |
细胞样 |
2×106个细胞 |
25cm 塑料培养瓶(5×106个细胞)、75cm 塑料培养瓶(2×107个细胞) |
口腔试子 |
1~2个棒子 |
饭后0.5 h,来回20下 |
唾液 |
5mL |
2 mL提取1~2ug |
测序深度 |
≥120 ×
|
部分结果展示
1.突变类型统计
对各样本中不同的突变类型进行统计,探究某种突变类型与疾病的关系。
2.SNP基因注释统计
单个样本SNP进行注释,得到各类突变类型的比例信息。
3.体细胞突变Venn图
通过癌症和正常样本得到体细胞突变的数量,研究各组样本中共有的体细胞突变。
4.家系相关位点研究
通过家系中患病个体和正常个体的比较,找到疾病相关突变位点。
案例解读
案例一:基于全外显子测序家系遗传疾病的研究方案
研究概要:卵巢早衰影响了世界上大约1%的女性;是导致女子不育的主要原因。大约10-15%的卵巢早衰患者的遗传因素已经确定了,包括染色体缺失,重组,常染色体和X染色体突变。本研究对这个卵巢早衰家系进行了连锁分析,确定了2个区域与该病显著相关(10-Mb region on 7q21.3-22.2和3-Mb region on 7p21.1-15.3)。本文结合了连锁分析结果与2个样本的全外显子测序数据,发现了在chr7.上的一个基因STAG3中存在一个1bp的缺失,导致了移码突变。而该位点原有基因编码减数分裂时期的亚基环,确保正确的姐妹染色单体分离。
研究思路:
研究结果:
1.通过2个样本的全外显子测序,联合之前的全基因组关联分析结果进行进一步分析,在该区域里得到了8个SNPs位于6个基因。其中5个基因的功能与卵巢早衰无关。剩下的这个基因STAG3有个1bp缺失,导致提前终止。
2. 筛选条件:1)连锁区域内;2)在患者中是纯合,在非患者中是杂合;3) 不在dbSNP,build132和HGMD中。
3.通过Sanger测序验证:发现该基因突变情况和表型属于共分离。患者是纯合缺失,而其他人是杂合或者纯合不缺失。
4.杂合小鼠模型显示后代分离比是1:2:1,符合孟德尔遗传。组织切片分析表明,Stag3缺失小鼠,6周时出现卵巢萎缩或者纤维化。免疫染色结果揭示了STAG3对cohesin环和联会复合体的形成是必需的。
案例二:绘制食管鳞癌突变图谱
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