目前，周燕研究员的主要研究方向是天然产物化学和有机质谱分析。在两个领域，团队已经有20多年的研究历史。在利用有机质谱对天然产物分析方面，团队建立了自己的研究特色：将黄酮、三萜、生物碱等天然产物的主要成分的特征质谱类型进行了归纳总结，提出了基于质谱碎裂特征的天然产物智能解析。同时利用质谱的智能解析软件，将有机质谱和天然产物有机地结合起来，从而实现在不需要对植物进行分离的同时，能够快速获取其主要的已知化学成分，并能推导其中的未知结构。